SAXSdb — 2fyj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Low-density lipoprotein receptor-related protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 932–1013	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；压力 ambient NMR测量条件：pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成：0.5mM [U-99% 15N]-CR56 \| 298 K, pH 7.0, no salt NMR样品组成：0.5mM CR56 \| 298 K, pH 7.0, no salt	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FYJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CR8 LOW DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN COMPLEMENT REPEAT 8 提交 1998-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1059–1100（42 aa）片段：COMPLEMENT REPEAT 8	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 1	分辨率未提供
1D2L NMR SOLUTION STRUCTURE OF COMPLEMENT-LIKE REPEAT CR3 FROM THE LOW DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN (LRP). EVIDENCE FOR SPECIFIC BINDING TO THE RECEPTOR BINDING DOMAIN OF HUMAN ALPHA-2 MACROGLOBULIN 提交 1999-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 851–893（43 aa）片段：COMPLEMENT-LIKE REPEAT 3 (CR3)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NA-D3-ACETATE, 10 mM CACL2；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 MM CR3 U-15N,13C 20 MM NA-D3-ACETATE PH 5.5 10 MM CACL 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
1J8E Crystal structure of ligand-binding repeat CR7 from LRP 提交 2001-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1011–1054（44 aa）片段：COMPLEMENT-LIKE REPEAT 7 (CR7), LDL-RECEPTOR CLASS A 7	突变：C1G	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；292 K；0.02M Na-acetate, 0.1M CaCl2, 0.3M NaCl, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
2FYL Haddock model of the complex between double module of LRP, CR56, and first domain of receptor associated protein, RAP-d1. 提交 2006-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 932–1013（82 aa）片段：CR56	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.1mM [U-99% 15N]-CR56; 0.1mM RAPd1; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10) NMR样品组成 0.5mM [U-99% 15N]-RAPd1; 0.5mM CR56; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10) NMR样品组成 0.08 mM [U-99% 15N, U-99% 13C]-CR56; 0.08 mM [U-99% 15N, U-99% 13C]-RAPd1; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10)	分辨率未提供
2KNX Solution Structure of complement repeat CR17 from LRP-1 提交 2009-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2770–2817（48 aa）片段：residues 2770-2817	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.45；307 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.45；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 150 mM sodium chloride, 20 mM [U-99% 2H] HEPES, 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 5 mM CALCIUM ION, 3 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KNY Fusion construct of CR17 from LRP-1 and ApoE residues 130-149 提交 2009-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2770–2817（48 aa）片段：Fusion of LRP UNP residues 2770-2817 and Apo-E UNP residues 147-167	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.45；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.45；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 20 mM [U-99% 2H] HEPES-1, 50 mM sodium chloride-2, 3 mM sodium azide-3, 5 mM CALCIUM ION-4, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM [U-99% 2H] HEPES-6, 50 mM sodium chloride-7, 3 mM sodium azide-8, 5 mM CALCIUM ION-9, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1-10, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 20 mM [U-99% 2H] HEPES-11, 50 mM sodium chloride-12, 3 mM sodium azide-13, 5 mM CALCIUM ION-14, 0.8 mM [U-99% 15N] entity_1-15, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM [U-99% 2H] HEPES-16, 150 mM sodium chloride-17, 3 mM sodium azide-18, 2 mM [U-99% 2H] EDTA-19, 0.5 mM [U-99% 15N] entity_2-20, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM [U-99% 2H] HEPES-21, 150 mM sodium chloride-22, 3 mM sodium azide-23, 2 mM [U-99% 2H] EDTA-24, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_2-25, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–82； UniProt 932–1013

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fyj
沉积日期 deposition_date	2006-02-08
结构标题 title	NMR Solution structure of calcium-loaded LRP double module
关键词 keywords	DOUBLE MODULE, COMPLEMENT TYPE REPEAT, CALCIUM, BETA-2 HAIRPIN, LOOP-STRUCTURES, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.58 Å
零角强度 I(0) i0	369734000.00
分子量 molecular_weight	133960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155690 Å³
包络体积 envelope_volume	23144 Å³
水化壳体积 shell_volume	12669 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.32 Å
包络 Rg envelope_rg	16.82 Å
形状 Rg shape_rg	13.56 Å
总 Rg total_rg	13.82 Å
总原子数 total_atoms	17025
残基数 n_residues	1230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.2 Å
Rg (实空间) rg_real	13.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	369700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7339
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	14.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.315
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	176800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.446; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.205; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (3)

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描述 description	Low-density lipoprotein receptor-related protein 1
分子量 formula_weight	8944.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17025

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/fy/2fyj/2fyj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fy/2fyj/2fyj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fy/2fyj/2fyj.dat

NMR Solution structure of calcium-loaded LRP double module

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Low-density lipoprotein receptor-related protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)