2g18

Crystal Structure of Nostoc sp. 7120 phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase (PcyA) Apoprotein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

Anabaena sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCYA_ANASP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 B； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 C； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 D； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 E； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 F； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 G； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 H； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 I； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 J； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 K； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245 作者链 L； PDB构建体 10–253； UniProt 2–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g18
沉积日期 deposition_date	2006-02-13
结构标题 title	Crystal Structure of Nostoc sp. 7120 phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase (PcyA) Apoprotein
关键词 keywords	alpha-beta-alpha sandwich, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2g18__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2g18__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2g18__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.80 Å
Rg（电子密度）	17.48 Å
总 Rg	18.50 Å
原子数	1964
残基数	245
排除体积	34777 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2g18__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2g18__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2g18__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2g18__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2g18__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2g18__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2g18__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2g18__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2g18__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`2g18__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`2g18__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`2g18__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
分子量 formula_weight	28755.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.7.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	23613

GPLGSPEFISLTSIPSLREQQHPLIRQLADCIEEVWHQHLDLSPYHLPAELGYVEGRLEGEKLTIENRCYQTPQFRKMHLELAKVGNMLDILHCVMFPRPEYDLPMFGCDLVGGRGQISAAIADLSPVHLDRTLPESYNSALTSLNTLNFSQPRELPEWGNIFSDFCIFVRPSSPEEEAMFLGRVREFLQVHCQGAIAASPVSAEQKQQILAGQHNYCSKQQQNDKTRRVLEKAFGVDWAENYMTTVLFDLPE

来源 Source

来源生物 organism	Anabaena sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1167
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d2g18a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18e1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18f1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18f2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18g1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18g2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18h1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18h2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g18i_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18k_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

结构域编号 domain_id	d2g18l_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.248 — Coproporphyrinogen III oxidase
超家族 Superfamily superfamily	d.248.2 — Ferredoxin-dependent bilin reductase
家族 Family family	d.248.2.1 — Ferredoxin-dependent bilin reductase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2g18A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2g18L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1500 — oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	78.501 Å
晶胞边长 b length_b	141.332 Å
晶胞边长 c length_c	121.842 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.940 Å
R 因子 r_factor	0.2133
R_work r_work	0.2109
R_free r_free	0.2572

Crystal Structure of Nostoc sp. 7120 phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase (PcyA) Apoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2g18__assembly_3__model_1

2g18__assembly_3__model_1 | I(q)

2g18__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Nostoc sp. 7120 phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase (PcyA) Apoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2g18__assembly_3__model_1

2g18__assembly_3__model_1 | I(q)

2g18__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)