2g3k

Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
10	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 148–241 链 G； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
11	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 148–241 链 F； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
8	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 148–241 链 B； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273
9	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 148–241 链 B； UniProt 148–241 链 F； UniProt 148–241	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1 M AS 100 mM sodium acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2G3K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：RESIDUES 1-147	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C	分辨率 3.60 Å R-free 0.357
2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–147（147 aa）片段：RESIDUES 1-147	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C	分辨率 3.60 Å R-free 0.357
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 13–125（113 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 13–125（113 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)	突变：C101A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 13–125（113 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125) 链 E 13–125（113 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (13-125)	突变：C101A 突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–118（106 aa）片段：Vps28N-terminal domain (13-118)	突变：C101A	MG MAGNESIUM ION × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 13–118（106 aa）片段：Vps28N-terminal domain (13-118)	突变：C101A	DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–242（95 aa）片段：RESIDUES 148-242	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 148–242（95 aa）片段：RESIDUES 148-242	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
2J9V 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus 提交 2006-11-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–242（95 aa）片段：RESIDUES 148-242	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；4% PEG 400, 0.1M LITHIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE (PH5.6), pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–118（118 aa）片段：Vps28N-Terminal Domain (1-118)	突变：C101A	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315

共 6 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS28_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 B； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 C； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 D； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 E； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 F； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241 作者链 G； PDB构建体 1–94； UniProt 148–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g3k
沉积日期 deposition_date	2006-02-20
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28
关键词 keywords	4 helix bundle, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.02 Å
零角强度 I(0) i0	86156300.00
分子量 molecular_weight	76577.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97516 Å³
包络体积 envelope_volume	120010 Å³
水化壳体积 shell_volume	36362 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.90 Å
包络 Rg envelope_rg	27.01 Å
形状 Rg shape_rg	27.04 Å
总 Rg total_rg	27.83 Å
总原子数 total_atoms	5390
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8923
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.402
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2g3ka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3kb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3kc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3kd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3ke_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3kf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2g3kg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.28 — VPS28 C-terminal domain-like
家族 Family family	a.24.28.1 — VPS28 C-terminal domain-like

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	2g3kA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2g3kG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 — Vps28 C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.579 Å
晶胞边长 b length_b	117.579 Å
晶胞边长 c length_c	294.116 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	84

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2727

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28
分子量 formula_weight	10952.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	5446

Crystal structure of the C-terminal domain of Vps28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

fit	/app/data/saxs_computation/g3/2g3k/2g3k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/2g3k/2g3k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/2g3k/2g3k.dat