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2g5m

Spinophilin PDZ domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 47.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurabin-2

Rattus norvegicus

UniProt O35274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 493–602 片段：PDZ domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM Na phosphate; 50 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成：1.8 mM PDZ domain, 15N samples; 20 mM Na phosphate buffer 50 mM NaCl, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.8 mM PDZ domain, 13C/15N samples; 20 mM Na phosphate buffer 50 mM NaCl, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.8 mM PDZ domain, 13C/15N samples; 20 mM Na phosphate buffer 50 mM NaCl, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O | 100% d20 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2G5M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3EGG Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1) and the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin 提交 2008-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
未记录 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M NaCl, 0.1M MES, 10% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
3EGG Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1) and the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin 提交 2008-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
未记录 GOL GLYCEROL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M NaCl, 0.1M MES, 10% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
3EGH Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1), the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin and the small natural molecular toxin Nodularin-R 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
链 D 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
未记录 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.1M MES, 15% PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3EGH Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1), the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin and the small natural molecular toxin Nodularin-R 提交 2008-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
未记录 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.1M MES, 15% PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3EGH Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1), the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin and the small natural molecular toxin Nodularin-R 提交 2008-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 417–583（167 aa） 片段：PP1 binding and PDZ domains
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.1M MES, 15% PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEB2_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 4–113； UniProt 493–602

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g5m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g5m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g5m
沉积日期 deposition_date2006-02-23
结构标题 titleSpinophilin PDZ domain
关键词 keywordsSpinophilin, PDZ domain, CNS, synaptic transmission, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.63 Å
零角强度 I(0) i0879207000.00
分子量 molecular_weight242340.0 kDa
排除体积 excluded_volume301090 ų
包络体积 envelope_volume75236 ų
水化壳体积 shell_volume25691 ų
包络直径 envelope_diameter84.8 Å
壳层 Rg shell_rg31.89 Å
包络 Rg envelope_rg25.95 Å
形状 Rg shape_rg16.62 Å
总 Rg total_rg17.13 Å
总原子数 total_atoms34120
残基数 n_residues2260
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.9 Å
Rg (实空间) rg_real16.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal879200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6586
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.3 Å
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.231
角度范围 angular_range— – 0.4600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.6040
最高正则化参数 α highest_alpha376300.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.879; Stabil: 0.976; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2g5mb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2g5mb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2g5mB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)