SAXSdb — 2g62

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53) ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–358	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2G62	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HV6 Crystal structure of the phosphotyrosyl phosphatase activator 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2mM Mg Formate, 5% glycerol, 17.5% PEG3350 (w/v), 0.1 M Bistris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
2HV6 Crystal structure of the phosphotyrosyl phosphatase activator 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2mM Mg Formate, 5% glycerol, 17.5% PEG3350 (w/v), 0.1 M Bistris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2IXM Structure of human PTPA 提交 2006-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–322（303 aa）片段：RESIDUES 20-322	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PTPA CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD AT 20C. 1UL OF PROTEIN (20 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL OF PRECIPITANT (23% TO 28% PEG 4000, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 7.0-8.5 AND 5 MM DTT) WERE EQUILIBRATED AGAINST 0.5 ML OF PRECIPITANT. LARGE PLATE CRYSTALS APPEARED IN 2 TO 3 DAYS. FOR CRYOPROTECTION 5% MPD WAS ADDED TO THE PRECIPITANT SOLUTION.	分辨率 1.50 Å R-free 0.221
4LAC Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) and PP2A phosphatase activator (PTPA) complex with ATPgammaS 提交 2013-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–358（340 aa）片段：unp residues 19-358	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M MES at pH6.5 and 10-12% PEG20,000, 1mM ATPgammaS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.82 Å R-free 0.242
4NY3 Human PTPA in complex with peptide 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–323（302 aa）片段：UNP Residues 22-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
4NY3 Human PTPA in complex with peptide 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–323（302 aa）片段：UNP Residues 22-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.185

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–325； UniProt 22–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g62
沉积日期 deposition_date	2006-02-24
结构标题 title	Crystal structure of human PTPA
关键词 keywords	;PPP2R4, MGC2184, PP2A, PR53, PTPA, protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53), HYDROLASE ACTIVATOR ;; HYDROLASE ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.14 Å
零角强度 I(0) i0	20340700.00
分子量 molecular_weight	35265.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44529 Å³
包络体积 envelope_volume	50150 Å³
水化壳体积 shell_volume	21476 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.95 Å
包络 Rg envelope_rg	19.51 Å
形状 Rg shape_rg	19.13 Å
总 Rg total_rg	20.12 Å
总原子数 total_atoms	2485
残基数 n_residues	302
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6874
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.105
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5137000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.072; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;protein phosphatase 2A, regulatory subunit B' (PR 53) ;
分子量 formula_weight	37327.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2944

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSRNFIIPKKEIHTVPDMGKWKRSQAYADYIGFILTLNEGVKGKKLTFEYRVSEAIEKLVALLNTLDRWIDETPPVDQPSRFGNKAYRTWYAKLDEEAENLVATVVPTHLAAAVPEVAVYLKESVGNSTRIDYGTGHEAAFAAFLCCLCKIGVLRVDDQIAIVFKVFNRYLEVMRKLQKTYRMEPAGSQGVWGLDDFQFLPFIWGSSQLIDHPYLEPRHFVDEKAVNENHKDYMFLECILFITEMKTGPFAEHSNQLWNISAVPSWSKVNQGLIRMYKAECLEKFPVIQHFKFGSLLPIHPVTSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	417

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2g62a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.268 — PTPA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.268.1 — PTPA-like
家族 Family family	a.268.1.1 — PTPA-like

结构域编号 domain_id	d2g62a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2g62A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.190 Å
晶胞边长 b length_b	76.420 Å
晶胞边长 c length_c	87.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.1536
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.1834

fit	/app/data/saxs_computation/g6/2g62/2g62.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/2g62/2g62.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/2g62/2g62.dat

Crystal structure of human PTPA