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2g6w

Suicide inhibition of a-Oxamine Synthase: Structures of the Covalent Adducts of 8-Amino-7-oxonanoate Synthase with trifluoroalanine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

8-amino-7-oxononanoate synthase

Escherichia coli

UniProt P12998

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–384 未记录 LLF (4-{(E)-[(2,2-DIFLUOROETHYL)IMINO]METHYL}-5-HYDROXY-6-METHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 7；298 K；0.2M AMMONIUM SULPHATE, 200MM BIS-TRIS, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 298K 分辨率 2.14 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2G6W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BS0 PLP-DEPENDENT ACYL-COA SYNTHASE 提交 1998-08-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 200MM BIS-TRIS,, pH 7.9
分辨率 1.65 Å R-free 0.212
1BS0 PLP-DEPENDENT ACYL-COA SYNTHASE 提交 1998-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 200MM BIS-TRIS,, pH 7.9
分辨率 1.65 Å R-free 0.212
1DJ9 CRYSTAL STRUCTURE OF 8-AMINO-7-OXONANOATE SYNTHASE (OR 7-KETO-8AMINIPELARGONATE OR KAPA SYNTHASE) COMPLEXED WITH PLP AND THE PRODUCT 8(S)-AMINO-7-OXONANONOATE (OR KAPA). THE ENZYME OF BIOTIN BIOSYNTHETIC PATHWAY. 提交 1999-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 KAM N-[7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID]-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, BIS-TRIS PROPANE BUFFER, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.278
1DJ9 CRYSTAL STRUCTURE OF 8-AMINO-7-OXONANOATE SYNTHASE (OR 7-KETO-8AMINIPELARGONATE OR KAPA SYNTHASE) COMPLEXED WITH PLP AND THE PRODUCT 8(S)-AMINO-7-OXONANONOATE (OR KAPA). THE ENZYME OF BIOTIN BIOSYNTHETIC PATHWAY. 提交 1999-12-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 KAM N-[7-KETO-8-AMINOPELARGONIC ACID]-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CHLORIDE, BIS-TRIS PROPANE BUFFER, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.278
1DJE CRYSTAL STRUCTURE OF THE PLP-BOUND FORM OF 8-AMINO-7-OXONANOATE SYNTHASE 提交 1999-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUN CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.71 Å R-free 0.245
1DJE CRYSTAL STRUCTURE OF THE PLP-BOUND FORM OF 8-AMINO-7-OXONANOATE SYNTHASE 提交 1999-12-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–384（384 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUN CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.71 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIOF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g6w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g6w
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g6w
沉积日期 deposition_date2006-02-26
结构标题 titleSuicide inhibition of a-Oxamine Synthase: Structures of the Covalent Adducts of 8-Amino-7-oxonanoate Synthase with trifluoroalanine
关键词 keywordsbiotin, 8-amino-7-oxonanoate, synthase, PLP, fluoroalanine, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.64 Å
零角强度 I(0) i031568100.00
分子量 molecular_weight41771.0 kDa
排除体积 excluded_volume51794 ų
包络体积 envelope_volume63711 ų
水化壳体积 shell_volume24330 ų
包络直径 envelope_diameter69.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.61 Å
包络 Rg envelope_rg21.73 Å
形状 Rg shape_rg21.65 Å
总 Rg total_rg22.46 Å
总原子数 total_atoms2939
残基数 n_residues383
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31570000.0000
解质量估计 total_estimate0.9164
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.5 Å
偏度 Skewness skewness0.089
峰度 Kurtosis kurtosis-0.637
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5387000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2g6wa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2g6wA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id2g6wA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)