SAXSdb — 2g7p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–425	片段：Light Chain A, residues 2-425 突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, 24% PEG4K, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–425	片段：Light Chain A, residues 2-425 突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, 24% PEG4K, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2G7P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E1H Crystal Structure of recombinant Botulinum Neurotoxin Type A Light Chain, self-inhibiting Zn endopeptidase. 提交 2000-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–250（241 aa）片段：RESIDUES 10-250 链 B 251–416（166 aa）片段：RESIDUES 252-416 链 C 10–250（241 aa）片段：RESIDUES 10-250 链 D 251–416（166 aa）片段：RESIDUES 252-416	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, DROP: 4UL 5MG/ML PROTEIN & 2UL WELL. PROTEIN: 0.05M TRIS PH 8.0,10% GLYCEROL, 0.1% TRITON X-100,1.0MM 2-ME,4% XYLITOL. WELL: 0.2M (NH4)2SO4,0.1M NAOAC PH 4.6, 25% PEG4000.	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
2G7K Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin, Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；0.1M HEPES buffer, 30% PEG1500, 0.1M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2G7K Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin, Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；0.1M HEPES buffer, 30% PEG1500, 0.1M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2G7N Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AG SILVER ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Sodium cacodylate, 28% PEG4K, 0.2M ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2G7Q Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1 AHL N-HYDROXY-L-ARGININAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, PEG4K, 0.2 M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.41 Å R-free 0.261
2G7Q Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, PEG4K, 0.2 M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.41 Å R-free 0.261
5MOY Crystal structure of the BoNT/A2 receptor-binding domain in complex with the luminal domain of its neuronal receptor SV2C 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 871–1296（426 aa）片段：UNP residues 871-1296	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285 K；20% PEG 8000, 65 mM Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
6ES1 Crystal structure of the binding domain from botulinum neurotoxin A2 bound to extracellular domain of human receptor SV2C 提交 2017-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 874–1296（423 aa）片段：Binding domain, UNP residues 874-1296	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.160 mM HcA2 (8.27 mg/mL), 0.160 mM SV2CL4 (2.24 mg/mL), 2 mM Sialylated Thomsen-Friedenreich carbohydrate antigen (Sialyl-T). Reservoir solution: 200 mM CaCl2, 100 mM MES pH 6.0, 20 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA2_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–425； UniProt 2–425 作者链 B； PDB构建体 2–425； UniProt 2–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g7p
沉积日期 deposition_date	2006-02-28
结构标题 title	Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors
关键词 keywords	botulinum neurotoxin, Zinc protease, SNAP25, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.66 Å
零角强度 I(0) i0	131317000.00
分子量 molecular_weight	93734.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118090 Å³
包络体积 envelope_volume	148700 Å³
水化壳体积 shell_volume	38771 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.62 Å
包络 Rg envelope_rg	32.58 Å
形状 Rg shape_rg	32.62 Å
总 Rg total_rg	33.27 Å
总原子数 total_atoms	6625
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	131300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8803
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	107.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.929; Smooth: 0.937

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	48708.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
突变 mutation	R362A, Y365F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6864

MFVNKQFNYKDPVNGVDIAYIKIPNAGQMQPVKAFKIHNKIWVIPERDTFTNPEEGDLNPPPEAKQVPVSYYDSTYLSTDNEKDNYLKGVTKLFERIYSTDLGRMLLTSIVRGIPFWGGSTIDTELKVIDTNCINVIQPDGSYRSEELNLVIIGPSADIIQFECKSFGHDVLNLTRNGYGSTQYIRFSPDFTFGFEESLEVDTNPLLGAGKFATDPAVTLAHELIHAEHRLYGIAINPNRVFKVNTNAYYEMSGLEVSFEELRTFGGHDAKFIDSLQENEFRLYYYNKFKDVASTLNKAKSIIGTTASLQYMKNVFKEKYLLSEDTSGKFSVDKLKFDKLYKMLTEIYTEDNFVNFFKVINAKTFLNFDKAVFRINIVPDENYTIKDGFNLKGANLSTNFNGQNTEINSRNFTRLKNFTGLFEFY

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	239

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2g7pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

结构域编号 domain_id	2g7pB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.210 Å
晶胞边长 b length_b	110.260 Å
晶胞边长 c length_c	167.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.190 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2750

fit	/app/data/saxs_computation/g7/2g7p/2g7p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g7/2g7p/2g7p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g7/2g7p/2g7p.dat

Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction