SAXSdb — 2gbi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-({8-[(3R)-3-AMINOPIPERIDIN-1-YL]-1,3-DIMETHYL-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}METHYL)BENZONITRILE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	2-({8-[(3R)-3-AMINOPIPERIDIN-1-YL]-1,3-DIMETHYL-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}METHYL)BENZONITRILE × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP4_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–730； UniProt 38–767 作者链 B； PDB构建体 1–730； UniProt 38–767

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gbi
沉积日期 deposition_date	2006-03-10
结构标题 title	rat DPP-IV with xanthine inhibitor 4
关键词 keywords	serine peptidase beta propeller, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gbi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gbi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.38 Å
Rg（电子密度）	39.03 Å
总 Rg	39.55 Å
原子数	11869
残基数	1460
排除体积	209970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gbi__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2gbi__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 4
分子量 formula_weight	84337.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11869

RRTYTLADYLKNTFRVKSYSLRWVSDSEYLYKQENNILLFNAEHGNSSIFLENSTFEIFGDSISDYSVSPDRLFVLLEYNYVKQWRHSYTASYSIYDLNKRQLITEEKIPNNTQWITWSQEGHKLAYVWKNDIYVKIEPHLPSHRITSTGKENVIFNGINDWVYEEEIFGAYSALWWSPNGTFLAYAQFNDTGVPLIEYSFYSDESLQYPKTVWIPYPKAGAVNPTVKFFIVNTDSLSSTTTTIPMQITAPASVTTGDHYLCDVAWVSEDRISLQWLRRIQNYSVMAICDYDKTTLVWNCPTTQEHIETSATGWCGRFRPAEPHFTSDGSSFYKIVSDKDGYKHICQFQKDRKPEQVCTFITKGAWEVISIEALTSDYLYYISNEYKEMPGGRNLYKIQLTDHTNKKCLSCDLNPERCQYYSVSLSKEAKYYQLGCRGPGLPLYTLHRSTDQKELRVLEDNSALDKMLQDVQMPSKKLDFIVLNETRFWYQMILPPHFDKSKKYPLLIDVYAGPCSQKADAAFRLNWATYLASTENIIVASFDGRGSGYQGDKIMHAINKRLGTLEVEDQIEAARQFLKMGFVDSKRVAIWGWSYGGYVTSMVLGSGSGVFKCGIAVAPVSRWEYYDSVYTERYMGLPTPEDNLDHYRNSTVMSRAENFKQVEYLLIHGTADDNVHFQQSAQISKALVDAGVDFQAMWYTDEDHGIASSTAHQHIYSHMSHFLQQCFSLR

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-({8-[(3R)-3-AMINOPIPERIDIN-1-YL]-1,3-DIMETHYL-2,6-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDRO-7H-PURIN-7-YL}METHYL)BENZONITRILE
分子量 formula_weight	393.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2gbiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2gbiA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2gbiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2gbiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	208.547 Å
晶胞边长 b length_b	208.547 Å
晶胞边长 c length_c	208.547 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2770

rat DPP-IV with xanthine inhibitor 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gbi__assembly_1__model_1

2gbi__assembly_1__model_1 | I(q)

2gbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

rat DPP-IV with xanthine inhibitor 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gbi__assembly_1__model_1

2gbi__assembly_1__model_1 | I(q)

2gbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)