SAXSdb — 2gej

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)

Mycobacterium smegmatis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QWG6_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–406； UniProt 1–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gej
沉积日期 deposition_date	2006-03-20
结构标题 title	Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (PimA) from Mycobacterium smegmatis in complex with GDP-Man
关键词 keywords	GT4 GLYCOSYLTRANSFERASE, MANNOSYLTRANSFERASE, ROSSMANN FOLD, BINARY COMPLEX, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gej__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gej__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.02 Å
Rg（电子密度）	21.12 Å
总 Rg	21.92 Å
原子数	2718
残基数	361
排除体积	48146 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gej__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)
分子量 formula_weight	43440.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2741

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRIGMVCPYSFDVPGGVQSHVLQLAEVLRDAGHEVSVLAPASPHVKLPDYVVSGGKAVPIPYNGSVARLRFGPATHRKVKKWIAEGDFDVLHIHEPNAPSLSMLALQAAEGPIVATFHTSTTKSLTLSVFQGILRPYHEKIIGRIAVSDLARRWQMEALGSDAVEIPNGVDVASFADAPLLDGYPREGRTVLFLGRYDEPRKGMAVLLAALPKLVARFPDVEILIVGRGDEDELREQAGDLAGHLRFLGQVDDATKASAMRSADVYCAPHLGGESFGIVLVEAMAAGTAVVASDLDAFRRVLADGDAGRLVPVDDADGMAAALIGILEDDQLRAGYVARASERVHRYDWSVVSAQIMRVYETVSGAGIKVQVSGAANRDETAGESV

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium smegmatis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE
分子量 formula_weight	605.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gejA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

结构域编号 domain_id	2gejA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 — Glycogen Phosphorylase B;

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7. 引用文献 (6)

Molecular recognition and interfacial catalysis by the essential phosphatidylinositol mannosyltransferase PimA from mycobacteria.

J.Biol.Chem. (2007)

PMID: 17510062 · DOI: 10.1074/jbc.M702087200 PRIMARY

Crystallization and preliminary crystallographic analysis of PimA, an essential mannosyltransferase from Mycobacterium smegmatis

Acta Crystallogr.,Sect.F (2005)

PMID: 16511084

Mycbacterial lipoarabinomannan and related lipoglycans: from biogenesis to modulation of the immune response

Mol.Microbiol. (2004)

PMID: 15228522 · DOI: 10.1111/j.1365-2958.2004.04183.x

Lipoarabinomannans: from structure to biosynthesis

Biochimie (2003)

PMID: 12765785 · DOI: 10.1016/S0300-9084(03)00048-8

An evolving hierarchical family classification for glycosyltransferases

J.Mol.Biol. (2003)

PMID: 12691742 · DOI: 10.1016/S0022-2836(03)00307-3

Definition of the first mannosylation step in phosphatidylinositol mannoside synthesis

J.Biol.Chem. (2002)

PMID: 12068013 · DOI: 10.1074/jbc.M204060200

晶胞边长 a length_a	37.071 Å
晶胞边长 b length_b	72.747 Å
晶胞边长 c length_c	137.166 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	49.900 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2450

Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (PimA) from Mycobacterium smegmatis in complex with GDP-Man

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gej__assembly_1__model_1

2gej__assembly_1__model_1 | I(q)

2gej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (6)

Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (PimA) from Mycobacterium smegmatis in complex with GDP-Man

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gej__assembly_1__model_1

2gej__assembly_1__model_1 | I(q)

2gej__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (6)