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2gkj

Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor DL-AZIDAP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaminopimelate epimerase

Haemophilus influenzae

UniProt P44859

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–274 未记录 ZDR (2R,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.8 M sodium acetate and 0.1 M HEPES (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GKJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BWZ DIAMINOPIMELATE EPIMERASE FROM HEMOPHILUS INFLUENZAE 提交 1998-09-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.72 Å R-free 0.242
1GQZ Refinement of Haemophilus influenzae Diaminopimelate epimerase at 1.7A 提交 2001-12-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–274（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M IMIDIZOLE PH 6.5,
分辨率 1.75 Å R-free 0.196
2GKE Crystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor LL-AziDAP 提交 2006-04-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–274（274 aa）
未记录 ZDP (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.8 M sodium acetate and 0.1 M HEPES (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.35 Å R-free 0.168
2Q9H Crystal structure of the C73S mutant of diaminopimelate epimerase 提交 2007-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–274（274 aa）
突变：C73S TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.8 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M NaCl, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
2Q9J Crystal structure of the C217S mutant of diaminopimelate epimerase 提交 2007-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–274（274 aa）
突变：C217S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；(0.8 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.2 M NaCl, 0.1M HEPES), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.253

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DAPF_HAEIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–274； UniProt 1–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2gkj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2gkj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2gkj
沉积日期 deposition_date2006-04-02
结构标题 titleCrystal structure of diaminopimelate epimerase in complex with an irreversible inhibitor DL-AZIDAP
关键词 keywordsenzyme-inhibitor complex, covalently bound inhibitor, Isomerase; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.09 Å
零角强度 I(0) i016900200.00
分子量 molecular_weight30566.0 kDa
排除体积 excluded_volume38022 ų
包络体积 envelope_volume42767 ų
水化壳体积 shell_volume19367 ų
包络直径 envelope_diameter59.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.80 Å
包络 Rg envelope_rg18.56 Å
形状 Rg shape_rg18.11 Å
总 Rg total_rg18.97 Å
总原子数 total_atoms2144
残基数 n_residues274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8145
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5 Å
偏度 Skewness skewness0.232
峰度 Kurtosis kurtosis-0.385
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6542000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2gkja1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.21 — Diaminopimelate epimerase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.21.1 — Diaminopimelate epimerase-like
家族 Family familyd.21.1.1 — Diaminopimelate epimerase
结构域编号 domain_idd2gkja2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.21 — Diaminopimelate epimerase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.21.1 — Diaminopimelate epimerase-like
家族 Family familyd.21.1.1 — Diaminopimelate epimerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2gkjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology310 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id2gkjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology310 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)