2glj

crystal structure of aminopeptidase I from Clostridium acetobutylicum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable M18-family aminopeptidase 1

Clostridium acetobutylicum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	MANGANESE (II) ION × 24 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	MANGANESE (II) ION × 24 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APEA_CLOAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 B； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 C； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 D； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 E； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 F； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 G； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 H； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 I； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 J； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 K； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 L； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 M； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 N； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 O； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 P； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 Q； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 R； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 S； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 T； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 U； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 V； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 W； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465 作者链 X； PDB构建体 1–461； UniProt 5–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2glj
沉积日期 deposition_date	2006-04-04
结构标题 title	crystal structure of aminopeptidase I from Clostridium acetobutylicum
关键词 keywords	;aminopeptidase I, NYSGXRC, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2glj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2glj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2glj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.72 Å
Rg（电子密度）	51.29 Å
总 Rg	51.62 Å
原子数	42996
残基数	5460
排除体积	768850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2glj__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2glj__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable M18-family aminopeptidase 1
分子量 formula_weight	51664.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	91225

LLKEYKNAWDKYDDKQLKEVFALGDRFKNFISNCKTERECVTELIKTAEKSGYRNIEDILAKGETLKEGDKVYANNRGKGLIMFLIGKEPLYTGFKILGAHIDSPRLDLKQNPLYEDTDLAMLETHYYGGIKKYQWVTLPLAIHGVIVKKDGTIVNVCVGEDDNDPVFGVSDILVHLASEQLEKKASKVIEGEDLNILIGSIPLKDGEEKQKVKHNIMKILNEKYDISEEDFVSAELEIVPAGKARDYGFDRSMVMGYGQDDRICAYTSFEAMLEMKNAKKTCITILVDKEEVGSIGATGMQSKFFENTVADIMSLCGDYDELKLRKALYNSEMLSSDVSAAFDPNYPNVMEKRNSAYLGKGIVFNKYTGSRGKSGCNDANPEYIAELRRILSKESVNWQTAELGKVDQGGGGTIAYILAEYGMQVIDCGVALLNMHAPWEISSKADIYETKNGYSAFLNN

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium acetobutylicum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	48

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5233

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

CATH v4.4 (48 domains)

结构域编号 domain_id	2gljA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljQ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljS01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljS02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljT01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljT02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljU01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljU02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljV01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljV02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljW01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljW02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

结构域编号 domain_id	2gljX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	2gljX02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	250 — Aminopeptidase i, Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminopeptidase i, Domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	121.708 Å
晶胞边长 b length_b	129.680 Å
晶胞边长 c length_c	222.728 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.88 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	116.68 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2970

crystal structure of aminopeptidase I from Clostridium acetobutylicum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable M18-family aminopeptidase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2glj__assembly_1__model_1

2glj__assembly_1__model_1 | I(q)

2glj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of aminopeptidase I from Clostridium acetobutylicum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable M18-family aminopeptidase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2glj__assembly_1__model_1

2glj__assembly_1__model_1 | I(q)

2glj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

CATH v4.4 (48 domains)

7. 引用文献 (1)