SAXSdb — 2gnw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-symbiotic hemoglobin 1

Oryza sativa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–166 链 B； UniProt 2–166	突变：F40W	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.9M Ammonium Phosphate, 10mM Potassium Phosphate, 20% Sucrose, 3% Dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GNW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D8U CRYSTAL STRUCTURE OF NON-SYMBIOTIC PLANT HEMOGLOBIN FROM RICE 提交 1999-10-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–166（166 aa）链 B 1–166（166 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；AMMONIUM PHOSPHATE, SUCROSE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 2.35 Å R-free 0.261
2GNV Crystal structure of non-symbiotic plant hemoglobin from rice, B10 mutant F40L 提交 2006-04-11	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–166（165 aa）链 B 2–166（165 aa）	突变：F40L 突变：F40L	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.9M Ammonium Phosphate, 10mM Potassium Phosphate, 20% Sucrose, 3% Dioxane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.247

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBL1_ORYSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–165； UniProt 2–166 作者链 B； PDB构建体 1–165； UniProt 2–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gnw
沉积日期 deposition_date	2006-04-11
结构标题 title	Crystal structure of non-symbiotic plant hemoglobin from rice, B10 mutant F40W
关键词 keywords	2 ON 2 HELICAL FOLD, GLOBIN, HEME, IRON, HEMOGLOBIN, HEXACOORDINATE, NONSYMBIOTIC, RICE, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.45 Å
零角强度 I(0) i0	22954600.00
分子量 molecular_weight	37938.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48137 Å³
包络体积 envelope_volume	59095 Å³
水化壳体积 shell_volume	22910 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.10 Å
包络 Rg envelope_rg	21.58 Å
形状 Rg shape_rg	21.39 Å
总 Rg total_rg	22.54 Å
总原子数 total_atoms	2668
残基数 n_residues	330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9083
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.471
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4175000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Non-symbiotic hemoglobin 1
分子量 formula_weight	18377.3 kDa
突变 mutation	F40W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2765

ALVEDNNAVAVSFSEEQEALVLKSWAILKKDSANIALRFWLKIFEVAPSASQMFSFLRNSDVPLEKNPKLKTHAMSVFVMTCEAAAQLRKAGKVTVRDTTLKRLGATHLKYGVGDAHFEVVKFALLDTIKEEVPADMWSPAMKSAWSEAYDHLVAAIKQEMKPAE

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa
通用名 common_name	rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4530
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2gnwa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d2gnwb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gnwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2gnwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.677 Å
晶胞边长 b length_b	125.677 Å
晶胞边长 c length_c	56.725 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1745
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2044

fit	/app/data/saxs_computation/gn/2gnw/2gnw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/2gnw/2gnw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/2gnw/2gnw.dat

Crystal structure of non-symbiotic plant hemoglobin from rice, B10 mutant F40W

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-symbiotic hemoglobin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction