2grm

Crystal structure of PrgX/iCF10 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息,但缺少统一蛋白身份时,不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly 物理组成 蛋白状态 蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 8 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 6 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2grm
沉积日期 deposition_date2006-04-24
结构标题 titleCrystal structure of PrgX/iCF10 complex
关键词 keywordsreceptor, inhibitor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2grm__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2grm__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2grm__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)42.38 Å
Rg(电子密度)42.51 Å
总 Rg42.75 Å
原子数10154
残基数1232
排除体积183720 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2grm__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2grm__assembly_2__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2grma1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.11 — PrgX N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2grma2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.4 — PrgX C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2grmb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2grmb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.4 — PrgX C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2grmc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2grmc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.4 — PrgX C-terminal domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2grmA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id2grmA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 —
结构域编号 domain_id2grmB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id2grmB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 —
结构域编号 domain_id2grmC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id2grmC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 —
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7. 引用文献 (1)