2gru

Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase complexed with carbaglucose-6-phosphate, NAD+ and Co2+

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-deoxy-scyllo-inosose synthase

Bacillus circulans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COBALT (II) ION × 2 SULFITE ION × 2 PHOSPHATE ION × 1 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 (1R,2S,3S,4R)-5-METHYLENECYCLOHEXANE-1,2,3,4-TETRAOL × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 [(1R,2R,3S,4S,5R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYCYCLOHEXYL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DOIS_BACCI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 B； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gru
沉积日期 deposition_date	2006-04-25
结构标题 title	Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase complexed with carbaglucose-6-phosphate, NAD+ and Co2+
关键词 keywords	aminoglycoside, 2-deoxystreptamine, dehydroquinate synthase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gru__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gru__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.09 Å
Rg（电子密度）	28.32 Å
总 Rg	29.00 Å
原子数	5801
残基数	727
排除体积	103670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gru__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-deoxy-scyllo-inosose synthase
分子量 formula_weight	40792.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6183

MTTKQICFADRCFNFAFGEHVLESVESYIPRDEFDQYIMISDSGVPDSIVHYAAEYFGKLAPVHILRFQGGEEYKTLSTVTNLQERAIALGANRRTAIVAVGGGLTGNVAGVAAGMMFRGIALIHVPTTFLAASDSVLSIKQAVNLTSGKNLVGFYYPPRFVFADTRILSESPPRQVKAGMCELVKNMLILENDNKEFTEDDLNSANVYSPKQLETFINFCISAKMSVLSEDIYEKKKGLIFEYGHTIGHAIELAEQGGITHGEAIAVGMIYAAKIANRMNLMPEHDVSAHYWLLNKIGALQDIPLKSDPDSIFHYLIHDNKRGYIKLDEDNLGMILLSGVGKPAMYNQTLLTPVRKTLIKEVIREGL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus circulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1397
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFITE ION
分子量 formula_weight	80.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(1R,2S,3S,4R)-5-METHYLENECYCLOHEXANE-1,2,3,4-TETRAOL
分子量 formula_weight	160.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	[(1R,2R,3S,4S,5R)-2,3,4,5-TETRAHYDROXYCYCLOHEXYL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE
分子量 formula_weight	258.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2gruA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 —

结构域编号 domain_id	2gruA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1090 — Dehydroquinate synthase-like, alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dehydroquinate synthase-like - alpha domain

结构域编号 domain_id	2gruB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1970 —

结构域编号 domain_id	2gruB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1090 — Dehydroquinate synthase-like, alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dehydroquinate synthase-like - alpha domain

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晶胞边长 a length_a	79.569 Å
晶胞边长 b length_b	70.108 Å
晶胞边长 c length_c	81.569 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	40.720 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1735
R_free r_free	0.2226

Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase complexed with carbaglucose-6-phosphate, NAD+ and Co2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-deoxy-scyllo-inosose synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gru__assembly_1__model_1

2gru__assembly_1__model_1 | I(q)

2gru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase complexed with carbaglucose-6-phosphate, NAD+ and Co2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-deoxy-scyllo-inosose synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gru__assembly_1__model_1

2gru__assembly_1__model_1 | I(q)

2gru__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)