2grx

Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrichrome-iron receptor

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Protein tonB × 1 （P94739） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DIPHOSPHATE × 1 LAURIC ACID × 1 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FERRICROCIN-IRON × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Protein tonB × 1 （P94739） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DIPHOSPHATE × 1 LAURIC ACID × 1 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FERRICROCIN-IRON × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FHUA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–725； UniProt 34–758 作者链 B； PDB构建体 1–725； UniProt 34–758

Protein tonB

Escherichia coli

UniProt P94739

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Ferrichrome-iron receptor × 1 （P06971） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DIPHOSPHATE × 1 LAURIC ACID × 1 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FERRICROCIN-IRON × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Ferrichrome-iron receptor × 1 （P06971） ;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose ; × 1 PHOSPHATE ION × 1 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DIPHOSPHATE × 1 LAURIC ACID × 1 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE × 1 FERRICROCIN-IRON × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TONB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 23–229； UniProt 33–239 作者链 D； PDB构建体 23–229； UniProt 33–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2grx
沉积日期 deposition_date	2006-04-25
结构标题 title	Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome
关键词 keywords	BETA BARREL, OUTER MEMBRANE, HETEROCOMPLEX, INTER-PROTEIN BETA SHEET, PROTEIN-PROTEIN, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2grx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2grx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2grx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.18 Å
Rg（电子密度）	27.64 Å
总 Rg	28.38 Å
原子数	6295
残基数	780
排除体积	110990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2grx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2grx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferrichrome-iron receptor
分子量 formula_weight	80051.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12533

AVEPKEDTITVTAAPAPQESAWGPAATIAARQSATGTKTDTPIQKVPQSISVVTAEEMALHQPKSVKEALSYTPGVSVGTRGASNTYDHLIIRGFAAEGQSQNNYLNGLKLQGNFYNDAVIDPYMLERAEIMRGPVSVLYGKSSPGGLLNMVSKRPTTEPLKEVQFKAGTDSLFQTGFDFSDSLDDDGVYSYRLTGLARSANAQQKGSEEQRYAIAPAFTWRPDDKTNFTFLSYFQNEPETGYYGWLPKEGTVEPLPNGKRLPTDFNEGAKNNTYSRNEKMVGYSFDHEFNDTFTVRQNLRFAENKTSQNSVYGYGVCSDPANAYSKQCAALAPADKGHYLARKYVVDDEKLQNFSVDTQLQSKFATGDIDHTLLTGVDFMRMRNDINAWFGYDDSVPLLNLYNPSSHHHHHHGSSVNTDFDFNAKDPANSGPYRILNKQKQTGVYVQDQAQWDKVLVTLGGRYDWADQESLNRVAGTTDKRDDKQFTWRGGVNYLFDNGVTPYFSYSESFEPSSQVGKDGNIFAPSKGKQYEVGVKYVPEDRPIVVTGAVYNLTKTNNLMADPEGSFFSVEGGEIRARGVEIEAKAALSASVNVVGSYTYTDAEYTTDTTYKGNTPAQVPKHMASLWADYTFFDGPLSGLTLGTGGRYTGSSYGDPANSFKVGSYTVVDALVRYDLARVGMAGSNVALHVNNLFDREYVASCFNTYGCFWGAERQVVATATFRF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein tonB
分子量 formula_weight	24973.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSVHQVIELPAPAQPISVTMVTPADLEPPQAVQPPPEPVVEPEPEPEPIPEPPKEAPVVIEKPKPKPKPKPKPVKKVQEQPKRDVKPVESRPASPFENTAPARLTSSTATAATSKPVTSVASGPRALSRNQPQYPARAQALRIEGQVKVKFDVTPDGRVDNVQILSAKPANMFEREVKNAMRRWRYEPGKPGSGIVVNILFKINGTTEIQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose ;
分子量 formula_weight	940.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID
分子量 formula_weight	244.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	173.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	139.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FERRICROCIN-IRON
分子量 formula_weight	770.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2grxa1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.3 — Ligand-gated protein channel

结构域编号 domain_id	d2grxb1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.3 — Ligand-gated protein channel

结构域编号 domain_id	d2grxc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.212 — TolA/TonB C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.212.1 — TolA/TonB C-terminal domain
家族 Family family	d.212.1.2 — TonB

结构域编号 domain_id	d2grxd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.212 — TolA/TonB C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.212.1 — TolA/TonB C-terminal domain
家族 Family family	d.212.1.2 — TonB

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2grxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	2grxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	2grxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	2grxB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	2grxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2420 — TolA/TonB C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB

结构域编号 domain_id	2grxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2420 — TolA/TonB C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB

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晶胞边长 a length_a	234.320 Å
晶胞边长 b length_b	91.840 Å
晶胞边长 c length_c	138.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2990
R_work r_work	0.2840
R_free r_free	0.3290

Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrichrome-iron receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein tonB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2grx__assembly_1__model_1

2grx__assembly_1__model_1 | I(q)

2grx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferrichrome-iron receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein tonB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2grx__assembly_1__model_1

2grx__assembly_1__model_1 | I(q)

2grx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)