SAXSdb — 2gv5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 31

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–161 链 B； UniProt 1–161	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Sfi1p × 1 （Q12369）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M sodium acetate, 18% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.297
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–161 链 E； UniProt 1–161	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Sfi1p × 1 （Q12369）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M sodium acetate, 18% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GV5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DOQ crystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex 提交 2006-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–161（161 aa）链 B 1–161（161 aa）链 C 1–161（161 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；9% iso-propanol, 0.1M MES pH=6.2, 0.2M Ca(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3FWB Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–161（161 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH6.5, 16% PEG4K, 20% glycerol - see publication for complete details, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–161（161 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–161（161 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–161（161 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
3FWC Sac3:Sus1:Cdc31 complex 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–161（161 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；unbuffered 16% PEG4K, 20% glycerol, 0.2 M Am sulph. See publication for complete details, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
4MBE Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex 提交 2013-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–161（161 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.61 Å R-free 0.236
4MBE Sac3:Sus1:Cdc31:Nup1 complex 提交 2013-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–161（161 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.61 Å R-free 0.236

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 B； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 E； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Sfi1p

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12369

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 643–710	片段：Residues: 643-710 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Cell division control protein 31 × 2 （P06704）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M sodium acetate, 18% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.297
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 643–710	片段：Residues: 643-710 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Cell division control protein 31 × 2 （P06704）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M sodium acetate, 18% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GV5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DOQ crystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex 提交 2006-05-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 218–306（89 aa）片段：Residues: 218 - 306	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；9% iso-propanol, 0.1M MES pH=6.2, 0.2M Ca(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q12369_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–73； UniProt 643–710 作者链 F； PDB构建体 6–73； UniProt 643–710

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gv5
沉积日期 deposition_date	2006-05-02
结构标题 title	crystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex
关键词 keywords	Sfi1p, centrin, cdc31p, spindle pole body, centrosome, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.10 Å
零角强度 I(0) i0	125151000.00
分子量 molecular_weight	88065.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108940 Å³
包络体积 envelope_volume	160210 Å³
水化壳体积 shell_volume	36412 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.56 Å
包络 Rg envelope_rg	41.22 Å
形状 Rg shape_rg	41.10 Å
总 Rg total_rg	41.06 Å
总原子数 total_atoms	6122
残基数 n_residues	716
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	125100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7808
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.669
峰度 Kurtosis kurtosis	0.322
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4679000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.646; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.721; Smooth: 0.485

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division control protein 31
分子量 formula_weight	19055.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	6175

MSKNRSSLQSGPLNSELLEEQKQEIYEAFSLFDMNNDGFLDYHELKVAMKALGFELPKREILDLIDEYDSEGRHLMKYDDFYIVMGEKILKRDPLDEIKRAFQLFDDDHTGKISIKNLRRVAKELGETLTDEELRAMIEEFDLDGDGEINENEFIAICTDS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sfi1p
分子量 formula_weight	8929.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GPLGSKLNDILHVYEKSKERELQSQLFNAWRNRFCFYTEECNIQAISKRNYQLEKMVLKKFRERLLEIVKSEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2gv5a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2gv5b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2gv5d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2gv5e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2gv5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1760 —

结构域编号 domain_id	2gv5D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2gv5F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1760 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.775 Å
晶胞边长 b length_b	104.735 Å
晶胞边长 c length_c	184.899 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	92.450 Å
R 因子 r_factor	0.2552
R_work r_work	0.2531
R_free r_free	0.2965

fit	/app/data/saxs_computation/gv/2gv5/2gv5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gv/2gv5/2gv5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gv/2gv5/2gv5.dat

crystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sfi1p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)