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2gyt

Solution structure of the SAM (sterile alpha motif) domain of DLC1 (deleted in liver cancer 1)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 57.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Deleted in liver cancer 1 protein, isoform 2

Homo sapiens

UniProt Q96QB1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–76 片段：sterile alpha motif (SAM) domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成：1mM DLC1-SAM 15N, 13C-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM DLC1-SAM 15N-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GYT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2DKY Solution structure of the SAM-domain of Rho-GTPase-activating protein 7 提交 2006-04-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–78（78 aa） 片段：SAM-domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.08mM SAM DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KAP Solution structure of DLC1-SAM 提交 2008-11-12 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–76（60 aa） 片段：sterile alpha motif (SAM) domain, UNP residues 17-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1mM [U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100 % D2O, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100% D2O, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LOZ The novel binding mode of DLC1 and Tensin2 PTB domain 提交 2012-01-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 811–824（14 aa） 片段：UNP residues 811-824
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tensin2-1, 1.2-1.4 mM DLC1-2, 100 mM potassium phosphate-3, 100 mM potassium chloride-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-6, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-7, 100 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] Tensin2-11, 1.2-1.4 mM DLC1-12, 100 mM potassium phosphate-13, 100 mM potassium chloride-14, 1 mM EDTA-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-16, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] DLC1-17, 100 mM potassium phosphate-18, 100 mM potassium chloride-19, 1 mM EDTA-20, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3KUQ Crystal structure of the DLC1 RhoGAP domain 提交 2009-11-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1066–1275（210 aa） 片段：Rho-GAP domain
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；30% PEG-3350, 0.2M sodium chloride, 5% glycerol, 0.02M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.260
5FZT The crystal structure of R7R8 in complex with a DLC1 fragment. 提交 2016-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 467–489（23 aa） 片段：TBS, UNP RESIDUES 467-489
未记录 MLI MALONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；15% ETHANOL, 0.1 M TRIS PH 7.4 AT 4OC
分辨率 2.10 Å R-free 0.231

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHG07_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2gyt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2gyt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2gyt
沉积日期 deposition_date2006-05-10
结构标题 titleSolution structure of the SAM (sterile alpha motif) domain of DLC1 (deleted in liver cancer 1)
关键词 keywordsSAM domain, protein structure, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.75 Å
零角强度 I(0) i0114620000.00
分子量 molecular_weight89525.0 kDa
排除体积 excluded_volume112370 ų
包络体积 envelope_volume24382 ų
水化壳体积 shell_volume13091 ų
包络直径 envelope_diameter62.9 Å
壳层 Rg shell_rg21.97 Å
包络 Rg envelope_rg17.68 Å
形状 Rg shape_rg13.65 Å
总 Rg total_rg14.45 Å
总原子数 total_atoms11490
残基数 n_residues760
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.9 Å
Rg (实空间) rg_real14.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7201
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.1 Å
偏度 Skewness skewness0.613
峰度 Kurtosis kurtosis0.413
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha139500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.299; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.461; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2gyta1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family familya.60.1.3 — Variant SAM domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2gytA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2070 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)