2h4c

Structure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2-III

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-II × 1 （Q7T3T5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-II × 1 （Q7T3T5） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-II × 1 （Q7T3T5） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-II × 1 （Q7T3T5） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phospholipase A2-II × 2 （Q7T3T5） water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phospholipase A2-II × 2 （Q7T3T5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7T2R1_DABRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 E； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138 作者链 G； PDB构建体 1–122； UniProt 17–138

Phospholipase A2-II

物种未注明

UniProt Q7T3T5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-III × 1 （Q7T2R1） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-III × 1 （Q7T2R1） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-III × 1 （Q7T2R1） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phospholipase A2-III × 1 （Q7T2R1） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phospholipase A2-III × 2 （Q7T2R1） water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Phospholipase A2-III × 2 （Q7T2R1） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7T3T5_DABRU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 9–130 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 9–130 作者链 F； PDB构建体 1–122； UniProt 9–130 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 9–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h4c
沉积日期 deposition_date	2006-05-24
结构标题 title	Structure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom)
关键词 keywords	PHOSPHOLIPASE A2, NON-INHIBITOR ACIDIC PLA2, BASIC PLA2, HETERODIMER, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2h4c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2h4c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2h4c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.42 Å
Rg（电子密度）	17.40 Å
总 Rg	18.39 Å
原子数	1920
残基数	244
排除体积	33645 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2h4c__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2h4c__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2h4c__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2h4c__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2h4c__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2h4c__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phospholipase A2-III
分子量 formula_weight	13632.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	7879

NFFQFAEMIVKMTGKEAVHSYAIYGCYCGWGGQGKPQDATDRCCFVHDCCYGTVNDCNPKMATYSYSFENGDIVCGDNNLCLKTVCECDRAAAICLGQNVNTYDKNYENYAISHCTEESEQC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phospholipase A2-II
分子量 formula_weight	14042.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

NLFQFARLIDAKQEAFSFFKYISYGCYCGWGGQGTPKDATDRCCFVHDCCYARVKGCNPKLVEYSYSYRTGKIVCGGDDPCLRAVCECDRVAAICFRENMNTYDKKYMLYSIFDCKEESDQC

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2h4ca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4cb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4cc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4cd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4ce_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4cf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4cg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d2h4ch_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2h4cA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	2h4cH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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晶胞边长 a length_a	66.977 Å
晶胞边长 b length_b	66.977 Å
晶胞边长 c length_c	240.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	7.990 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.3070

Structure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2-III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phospholipase A2-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h4c__assembly_1__model_1

2h4c__assembly_1__model_1 | I(q)

2h4c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipase A2-III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phospholipase A2-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h4c__assembly_1__model_1

2h4c__assembly_1__model_1 | I(q)

2h4c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)