SAXSdb — 2hdx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Jak2 protein × 1 （Q7TQD0） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WVM5_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607 作者链 B； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607 作者链 C； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607 作者链 D； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607 作者链 E； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607 作者链 F； PDB构建体 3–111； UniProt 499–607

Jak2 protein

物种未注明

UniProt Q7TQD0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform × 1 （Q9WVM5） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7TQD0_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820 作者链 H； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820 作者链 I； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820 作者链 J； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820 作者链 K； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820 作者链 L； PDB构建体 1–11； UniProt 810–820

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hdx
沉积日期 deposition_date	2006-06-21
结构标题 title	Crystal structure of the Src homology-2 domain of SH2-B in complex with Jak2 pTyr813 phosphopeptide
关键词 keywords	SH2, Jak2, phosphotyrosine, adapter protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hdx__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hdx__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hdx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.41 Å
Rg（电子密度）	12.89 Å
总 Rg	14.25 Å
原子数	885
残基数	111
排除体积	15726 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hdx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hdx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2hdx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2hdx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2hdx__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2hdx__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform
分子量 formula_weight	12276.0 kDa
突变 mutation	E583A, E584A, W593H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5693

GSDQPLSGYPWFHGMLSRLKAAQLVLEGGTGSHGVFLVRQSETRRGECVLTFNFQGKAKHLRLSLNAAGQCRVQHLHFQSIFDMLEHFRVHPIPLESGGSSDVVLVSYVPS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Jak2 protein
分子量 formula_weight	1389.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

TPDYELLTEND

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	320

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2hdxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2hdxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2hdxc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2hdxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2hdxe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2hdxf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2hdxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2hdxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2hdxC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2hdxD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2hdxE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2hdxF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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晶胞边长 a length_a	44.210 Å
晶胞边长 b length_b	74.190 Å
晶胞边长 c length_c	239.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2400

Crystal structure of the Src homology-2 domain of SH2-B in complex with Jak2 pTyr813 phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Jak2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hdx__assembly_4__model_1

2hdx__assembly_4__model_1 | I(q)

2hdx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Src homology-2 domain of SH2-B in complex with Jak2 pTyr813 phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH2-B PH domain containing signaling mediator 1 gamma isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Jak2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hdx__assembly_4__model_1

2hdx__assembly_4__model_1 | I(q)

2hdx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)