SAXSdb — 2hev

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 51–183	片段：extracellular domain (residues 51-183) 突变：N90D, N114D	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 × 3 （P43489） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNFL4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 5–137； UniProt 51–183

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

Homo sapiens

UniProt P43489

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 29–170	片段：extracellular domain (residues 29-170)	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4 × 3 （P23510） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HEV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 H 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 I 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 K 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 L 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 H 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 I 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 J 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 K 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 L 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1D0A STRUCTURE OF TNF RECEPTOR ASSOCIATED FACTOR 2 (TRAF2) IN COMPLEX WITH A HUMAN OX40 PEPTIDE 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 H 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 I 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 J 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 K 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE 链 L 262–266（5 aa）片段：TRAF-BINDING SEQUENCE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；PEG4K, MES, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
2HEY Crystal structure of murine OX40L bound to human OX40 提交 2006-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 29–170（142 aa）片段：extracellular domain (residues 29-170)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M NaCl, 1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
2HEY Crystal structure of murine OX40L bound to human OX40 提交 2006-06-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 T 29–170（142 aa）片段：extracellular domain (residues 29-170)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M NaCl, 1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
6OGX Ternary complex of OX40R (TNFRSF4) bound to Fab1 and Fab2 提交 2019-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 29–170（142 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 1.5 M D-L malic acid pH 7.0, 0.15 mM dimethylethylammonium propane sulfate (NDSB-195)	分辨率 2.77 Å R-free 0.254
6OKM Human OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 3C8 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 29–170（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
6OKN OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 1A7 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 29–170（142 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tbd	分辨率 3.25 Å R-free 0.228
6OKN OX40R (TNFRSF4) bound to Fab 1A7 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 29–170（142 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tbd	分辨率 3.25 Å R-free 0.228
7YK4 ox40-antibody 提交 2022-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–170（142 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate, 14% PEG 3350, 10% glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
7YK4 ox40-antibody 提交 2022-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 29–170（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate, 14% PEG 3350, 10% glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.298
8AG1 Crystal structure of a novel OX40 antibody 提交 2022-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–170（142 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；0.1m CITRATE, PH5.6, 2% TACSIMATE, 16% PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.268
8AG1 Crystal structure of a novel OX40 antibody 提交 2022-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 a 29–170（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；293 K；0.1m CITRATE, PH5.6, 2% TACSIMATE, 16% PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.268

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 5–146； UniProt 29–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hev
沉积日期 deposition_date	2006-06-22
结构标题 title	Crystal structure of the complex between OX40L and OX40
关键词 keywords	cytokine, receptor-ligand complex, TNFSF, TNFRSF; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.71 Å
零角强度 I(0) i0	17561600.00
分子量 molecular_weight	30052.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36904 Å³
包络体积 envelope_volume	50370 Å³
水化壳体积 shell_volume	18950 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.76 Å
包络 Rg envelope_rg	24.12 Å
形状 Rg shape_rg	23.70 Å
总 Rg total_rg	24.41 Å
总原子数 total_atoms	2095
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8534
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1339000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.726; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4
分子量 formula_weight	15858.0 kDa
突变 mutation	N90D, N114D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	2182

GSHMQVSHRYPRIQSIKVQFTEYKKEKGFILTSQKEDEIMKVQDNSVIINCDGFYLISLKGYFSQEVDISLHYQKDEEPLFQLKKVRSVNSLMVASLTYKDKVYLNVTTDNTSLDDFHVNGGELILIHQNPGEFCVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4
分子量 formula_weight	15808.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

GSHMLHCVGDTYPSNDRCCHECRPGNGMVSRCSRSQNTVCRPCGPGFYNDVVSSKPCKPCTWCNLRSGSERKQLCTATQDTVCRCRAGTQPLDSYKPGVDCAPCPPGHFSPGDNQACKPWTNCTLAGKHTLQPASNSSDAICEDRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2hevf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d2hevr1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.1 — TNF receptor-like

结构域编号 domain_id	d2hevr2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.1 — TNF receptor-like

结构域编号 domain_id	d2hevr3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.1 — TNF receptor-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2hevF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2hevR01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hevR02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.903 Å
晶胞边长 b length_b	111.903 Å
晶胞边长 c length_c	233.238 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2125
R_work r_work	0.2082
R_free r_free	0.2511

fit	/app/data/saxs_computation/he/2hev/2hev.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/2hev/2hev.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/2hev/2hev.dat

Crystal structure of the complex between OX40L and OX40

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)