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2hi9

Crystal Structure of human native protein C inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plasma serine protease inhibitor

Homo sapiens

UniProt P05154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 44–406 链 B； UniProt 44–406 链 C； UniProt 44–406 片段：residues 25-387 CIT CITRIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；66.7mM tri-potassium citrate, 6.7% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.30 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2HI9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1LQ8 Crystal structure of cleaved protein C inhibitor 提交 2002-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 30–375（346 aa） 片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375
链 B 376–406（31 aa） 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LQ8 Crystal structure of cleaved protein C inhibitor 提交 2002-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 30–375（346 aa） 片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375
链 D 376–406（31 aa） 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LQ8 Crystal structure of cleaved protein C inhibitor 提交 2002-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 30–375（346 aa） 片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375
链 F 376–406（31 aa） 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LQ8 Crystal structure of cleaved protein C inhibitor 提交 2002-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 30–375（346 aa） 片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375
链 H 376–406（31 aa） 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.279
2OL2 High Resolution Structure of Native PCI in Space Group P21 提交 2007-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–406（371 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；6% PEG 3350, 0.04M ammonium citrate,10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2OL2 High Resolution Structure of Native PCI in Space Group P21 提交 2007-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–406（371 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；6% PEG 3350, 0.04M ammonium citrate,10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3B9F 1.6 A structure of the PCI-thrombin-heparin complex 提交 2007-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 36–406（371 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；11% PEG 3350, 0.12M MgSO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3DY0 Crystal Structure of Cleaved PCI Bound to Heparin 提交 2008-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 37–372（336 aa） 片段：PPE cleaved, residues 37-372
链 B 379–406（28 aa） 片段：PPE cleaved, residues 379-406
未记录 NO3 NITRATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；0.12M Lithium Nitrate, 12% PEG 3350, 25% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.55 Å R-free 0.217

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IPSP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–363； UniProt 44–406 作者链 B； PDB构建体 1–363； UniProt 44–406 作者链 C； PDB构建体 1–363； UniProt 44–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hi9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hi9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hi9
沉积日期 deposition_date2006-06-29
结构标题 titleCrystal Structure of human native protein C inhibitor
关键词 keywords;Serpin, coagulation, haemostasis, thrombin inhibitor, activated protein C inhibitor, acrosin inhibitor, serine protease inhibitor, HYDROLASE inhibitor ;; HYDROLASE inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.81 Å
零角强度 I(0) i0208055000.00
分子量 molecular_weight118080.0 kDa
排除体积 excluded_volume148600 ų
包络体积 envelope_volume195390 ų
水化壳体积 shell_volume46151 ų
包络直径 envelope_diameter131.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.27 Å
包络 Rg envelope_rg35.64 Å
形状 Rg shape_rg35.79 Å
总 Rg total_rg36.24 Å
总原子数 total_atoms8315
残基数 n_residues1056
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.3 Å
Rg (实空间) rg_real36.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal208000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8634
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.4 Å
偏度 Skewness skewness0.415
峰度 Kurtosis kurtosis-0.086
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49240000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.737
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2hi9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id2hi9A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
结构域编号 domain_id2hi9B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id2hi9B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
结构域编号 domain_id2hi9C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Antithrombin, subunit I, domain 2
结构域编号 domain_id2hi9C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)