SAXSdb — 2hnh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III alpha subunit

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–910	片段：catalytic fragment (1-917)	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18% PEG3350 0.3M NaH2PO4 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HNH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HQA Crystal structure of the catalytic alpha subunit of E. Coli replicative DNA polymerase III 提交 2006-07-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–917（917 aa）片段：catalytic fragment (residues 1-917)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18% PEG3350 0.3M NAH2PO4 0.1M HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
4GX8 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 209-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.70 Å R-free 0.246
4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.15 Å R-free 0.291
4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.15 Å R-free 0.291
4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.15 Å R-free 0.291
4GX9 Crystal structure of a DNA polymerase III alpha-epsilon chimera 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–270（270 aa）片段：polIII epsilon C-terminal domain (UNP residues 200-243),polIII alpha PHP domain (UNP residues 1-270)	突变：L66P,L66P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；279 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 16-18% PEG3350, 3mM TCEP, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.15 Å R-free 0.291
4JOM Structure of E. coli Pol III 3mPHP mutant 提交 2013-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–917（917 aa）片段：3mPHP (UNP residues 1-917)	突变：yes	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；10-15 mg/mL protein, 15-20% PEG3350, 0.2-0.4 M sodium phosphate monobasic, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.245
5FKU cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex in DNA free state (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1160（1160 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.34 Å
5FKV cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon, tau complex) 提交 2015-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1160（1160 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.04 Å
5FKW cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon) 提交 2015-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1160（1160 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, AND 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 7.30 Å
5M1S Cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase-clamp-exonuclase-theta complex bound to DNA in the editing mode 提交 2016-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–927（927 aa）	突变：A921L, M923L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Prior to sample preparation 0.1 volumes of 0.05% Tween 20 were added to the sample 3 microliters were pipetted onto the grid and blotted for 4 seconds	分辨率 6.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3A_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–910； UniProt 1–910

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hnh
沉积日期 deposition_date	2006-07-12
结构标题 title	Crystal structure of the catalytic alpha subunit of E. coli replicative DNA polymerase III
关键词 keywords	DNA polymerase III, DNA replication, nucleotidyltransferase, Pol beta, PHP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.92 Å
零角强度 I(0) i0	161932000.00
分子量 molecular_weight	101870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127580 Å³
包络体积 envelope_volume	166270 Å³
水化壳体积 shell_volume	42257 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.72 Å
包络 Rg envelope_rg	32.45 Å
形状 Rg shape_rg	32.92 Å
总 Rg total_rg	33.45 Å
总原子数 total_atoms	7162
残基数 n_residues	910
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	161900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9102
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	28160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.961

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase III alpha subunit
分子量 formula_weight	101760.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7621

MSEPRFVHLRVHSDYSMIDGLAKTAPLVKKAAALGMPALAITDFTNLCGLVKFYGAGHGAGIKPIVGADFNVQCDLLGDELTHLTVLAANNTGYQNLTLLISKAYQRGYGAAGPIIDRDWLIELNEGLILLSGGRMGDVGRSLLRGNSALVDECVAFYEEHFPDRYFLELIRTGRPDEESYLHAAVELAEARGLPVVATNDVRFIDSSDFDAHEIRVAIHDGFTLDDPKRPRNYSPQQYMRSEEEMCELFADIPEALANTVEIAKRCNVTVRLGEYFLPQFPTGDMSTEDYLVKRAKEGLEERLAFLFPDEEERLKRRPEYDERLETELQVINQMGFPGYFLIVMEFIQWSKDNGVPVGPGRGSGAGSLVAYALKITDLDPLEFDLLFERFLNPERVSMPDFDVDFCMEKRDQVIEHVADMYGRDAVSQIITFGTMAAKAVIRDVGRVLGHPYGFVDRISKLIPPDPGMTLAKAFEAEPQLPEIYEADEEVKALIDMARKLEGVTRNAGKHAGGVVIAPTKITDFAPLYCDEEGKHPVTQFDKSDVEYAGLVKFDFLGLRTLTIINWALEMINKRRAKNGEPPLDIAAIPLDDKKSFDMLQRSETTAVFQLESRGMKDLIKRLQPDCFEDMIALVALFRPGPLQSGMVDNFIDRKHGREEISYPDVQWQHESLKPVLEPTYGIILYQEQVMQIAQVLSGYTLGGADMLRRAMGKKKPEEMAKQRSVFAEGAEKNGINAELAMKIFDLVEKFAGYGFNKSHSAAYALVSYQTLWLKAHYPAEFMAAVMTADMDNTEKVVGLVDECWRMGLKILPPDINSGLYHFHVNDDGEIVYGIGAIKGVGEGPIEAIIEARNKGGYFRELFDLCARTDTKKLNRRVLEKLIMSGAFDRLGPHRAALMNSLGDALKAAD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	399

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2hnhA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	2hnhA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1600 — Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.584 Å
晶胞边长 b length_b	92.600 Å
晶胞边长 c length_c	130.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1898
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.2581

fit	/app/data/saxs_computation/hn/2hnh/2hnh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/2hnh/2hnh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hn/2hnh/2hnh.dat

Crystal structure of the catalytic alpha subunit of E. coli replicative DNA polymerase III

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement