SAXSdb — 2hp0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IDS-epimerase

Agrobacterium tumefaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1,2-ETHANEDIOL × 6 UNKNOWN ATOM OR ION × 14 (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1L4E3_9RHIZ
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–466； UniProt 1–446 作者链 B； PDB构建体 21–466； UniProt 1–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hp0
沉积日期 deposition_date	2006-07-17
结构标题 title	Crystal structure of iminodisuccinate epimerase
关键词 keywords	MmgE/PrpD fold, 6 helix bundle, chorismate mutase like, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hp0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IDS-epimerase
分子量 formula_weight	50588.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7982

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMFTTKLAEKVVSAWKAKISQPALKAAQDGVIDTVAAALGGVTEHSVQVALKYVAATGGSGDSKLWGVNQRSNMFDAAFVNGMAAHAIDFDDSFPVMRGHPSSSLVPAIFAVGEHVGANGHNCLKSYVLGIEVVATLGRAVGKGHYLAGWHPTSTLGVFGATTAAALLLGADEEQLRNAWGIAASNSCGIIKNFGTMTKPMHTGSAARNGVLSAWLSMQSFTGCQTVFDDAEGILAMYGAQPGPELFNAMQKFGTPWAIIAPGLYKKSWPSCYANHKPLAGLFAIMKEHGLTGQDISHVDVGFLPGVEKPLLYMDPRTTEEAKFSIEANIGAALLDGEVSLASFEIEHLDRPAMRAAMKKVTRFDMPSETTFSGTTGYTDIVVHTADGKIERRIEATPGSLEDPMDDAHLERKFKDCTAWMPFGESGLLFDRLRSLTADQGIKTVQP

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium tumefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	358
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IDS-epimerase
分子量 formula_weight	50604.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMFTTKLAEKVVSAWKAKISQPALKAAQDGVIDTVAAALGGVTEHSVQVALKYVAATGGSGDSKLWGVNQRSNMFDAAFVNGMAAHAIDFDDSFPVMRGHPSSSLVPAIFAVGEHVGANGHNCLKSYVLGIEVVATLGRAVGKGHYLAGWHPTSTLGVFGATTAAALLLGADEEQLRNAWGIAASNSCGIIKNFGTMTKPMHTGSAARNGVLSAWLSMQSFTGCQTVFDDAEGILAMYGAQPGPELFNAMQKFGTPWAIIAPGLYKKSWPSCYANHKPLAGLFAIMKEHGLTGQDISHVDVGFLPGVEKPLLYMDPRTTEEAKFSIEANIGAALLDGEVSLASFEIEHLDRPAMRAAMKKVTRFDMPSETTFSGTTGYTDIVVHTADGKIERRIEATPGSLEDPMDDAHLERKFKDCTAWMPFGESGLLFDRLRSLTADQGIKTVQP

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium tumefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	358
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	948

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2hp0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4100 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD

结构域编号 domain_id	2hp0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD

结构域编号 domain_id	2hp0B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4100 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD

结构域编号 domain_id	2hp0B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — 2-methylcitrate dehydratase PrpD

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晶胞边长 a length_a	55.602 Å
晶胞边长 b length_b	104.973 Å
晶胞边长 c length_c	78.645 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	62.020 Å
R 因子 r_factor	0.1523
R_work r_work	0.1512
R_free r_free	0.1739

Crystal structure of iminodisuccinate epimerase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IDS-epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of iminodisuccinate epimerase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IDS-epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)