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2hte

The crystal structure of spermidine synthase from p. falciparum in complex with 5'-methylthioadenosine

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase

Plasmodium falciparum

UniProt Q8II73

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 10 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 2 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 8 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 2 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
2hte 2hte 2i7c 2i7c 2pss 2pss 2pt6 2pt6 2pt9 2pt9 2pwp 2pwp

共 30 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8II73_PLAF7
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 40–321 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 40–321 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 40–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hte
沉积日期 deposition_date2006-07-25
结构标题 titleThe crystal structure of spermidine synthase from p. falciparum in complex with 5'-methylthioadenosine
关键词 keywordstransferase, spermidine synthase, structural genomics consortium, SGC; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2hte__assembly_1__model_1 dimeric （2） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2 1 2hte__assembly_2__model_1 dimeric （2） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2htea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2hteb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2htec_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamilyc.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family familyc.66.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2hteA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain
结构域编号 domain_id2hteA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id2hteB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain
结构域编号 domain_id2hteB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id2hteC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain
结构域编号 domain_id2hteC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
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7. 引用文献 (1)