2htm

Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiazole biosynthesis protein thiG

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Putative thiamine biosynthesis protein ThiS × 2 （Q5SKG8） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Putative thiamine biosynthesis protein ThiS × 2 （Q5SKG8） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Putative thiamine biosynthesis protein ThiS × 4 （Q5SKG8） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIG_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 B； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 C； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 D； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Putative thiamine biosynthesis protein ThiS

Thermus thermophilus

UniProt Q5SKG8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Thiazole biosynthesis protein thiG × 2 （Q5SKG7） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Thiazole biosynthesis protein thiG × 2 （Q5SKG7） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Thiazole biosynthesis protein thiG × 4 （Q5SKG7） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SKG8_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 F； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 G； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 H； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2htm
沉积日期 deposition_date	2006-07-26
结构标题 title	Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8
关键词 keywords	;thiamin biosynthesis, ThiG, Thermus thermophilus HB8, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2htm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2htm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2htm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.79 Å
Rg（电子密度）	31.95 Å
总 Rg	32.38 Å
原子数	4487
残基数	589
排除体积	81351 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2htm__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2htm__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2htm__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiazole biosynthesis protein thiG
分子量 formula_weight	28482.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9392

MDTWKVGPVELKSRLILGSGKYEDFGVMREAIAAAKAEVVTVSVRRVELKAPGHVGLLEALEGVRLLPNTAGARTAEEAVRLARLGRLLTGERWVKLEVIPDPTYLLPDPLETLKAAERLIEEDFLVLPYMGPDLVLAKRLAALGTATVMPLAAPIGSGWGVRTRALLELFAREKASLPPVVVDAGLGLPSHAAEVMELGLDAVLVNTAIAEAQDPPAMAEAFRLAVEAGRKAYLAGPMRPREAASPSSPVEGVPFTPTGPRPGRGPQ

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative thiamine biosynthesis protein ThiS
分子量 formula_weight	7132.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MVWLNGEPRPLEGKTLKEVLEEMGVELKGVAVLLNEEAFLGLEVPDRPLRDGDVVEVVALMQGG

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2htma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.31 — ThiG-like
家族 Family family	c.1.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2htmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.31 — ThiG-like
家族 Family family	c.1.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2htmc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.31 — ThiG-like
家族 Family family	c.1.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2htmd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.31 — ThiG-like
家族 Family family	c.1.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2htme_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.3 — MoaD/ThiS
家族 Family family	d.15.3.2 — ThiS

结构域编号 domain_id	d2htmf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.3 — MoaD/ThiS
家族 Family family	d.15.3.2 — ThiS

结构域编号 domain_id	d2htmg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.3 — MoaD/ThiS
家族 Family family	d.15.3.2 — ThiS

结构域编号 domain_id	d2htmh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.3 — MoaD/ThiS
家族 Family family	d.15.3.2 — ThiS

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2htmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2htmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2htmC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2htmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2htmE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	2htmF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	2htmG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	2htmH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

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晶胞边长 a length_a	47.339 Å
晶胞边长 b length_b	73.511 Å
晶胞边长 c length_c	100.911 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	68.64 °
晶胞夹角 β angle_beta	80.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2530
R_work r_work	0.2530
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiazole biosynthesis protein thiG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative thiamine biosynthesis protein ThiS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2htm__assembly_1__model_1

2htm__assembly_1__model_1 | I(q)

2htm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TTHA0676 from Thermus thermophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiazole biosynthesis protein thiG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative thiamine biosynthesis protein ThiS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2htm__assembly_1__model_1

2htm__assembly_1__model_1 | I(q)

2htm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)