SAXSdb — 2hv6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–323	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2mM Mg Formate, 5% glycerol, 17.5% PEG3350 (w/v), 0.1 M Bistris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–323	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2mM Mg Formate, 5% glycerol, 17.5% PEG3350 (w/v), 0.1 M Bistris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HV6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2G62 Crystal structure of human PTPA 提交 2006-02-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–358（337 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.183
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–323（323 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2HV7 Crystal structure of phosphotyrosyl phosphatase activator bound to ATPgammaS 提交 2006-07-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.2 mM Na Formate, 5% glycerol, 16% PEG3350 (w/v), 50 mM Glycine, 0.1 M BisTris, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.312
2IXM Structure of human PTPA 提交 2006-07-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–322（303 aa）片段：RESIDUES 20-322	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PTPA CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD AT 20C. 1UL OF PROTEIN (20 MG/ML) WAS MIXED WITH 1 UL OF PRECIPITANT (23% TO 28% PEG 4000, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 7.0-8.5 AND 5 MM DTT) WERE EQUILIBRATED AGAINST 0.5 ML OF PRECIPITANT. LARGE PLATE CRYSTALS APPEARED IN 2 TO 3 DAYS. FOR CRYOPROTECTION 5% MPD WAS ADDED TO THE PRECIPITANT SOLUTION.	分辨率 1.50 Å R-free 0.221
4LAC Crystal Structure of Protein Phosphatase 2A (PP2A) and PP2A phosphatase activator (PTPA) complex with ATPgammaS 提交 2013-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 19–358（340 aa）片段：unp residues 19-358	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M MES at pH6.5 and 10-12% PEG20,000, 1mM ATPgammaS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.82 Å R-free 0.242
4NY3 Human PTPA in complex with peptide 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–323（302 aa）片段：UNP Residues 22-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.185
4NY3 Human PTPA in complex with peptide 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–323（302 aa）片段：UNP Residues 22-323	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2 M (NH4)2SO4 and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.185

共 5 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 B； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hv6
沉积日期 deposition_date	2006-07-27
结构标题 title	Crystal structure of the phosphotyrosyl phosphatase activator
关键词 keywords	phosphotyrosyl phosphatase activator, phosphatase, PP2A, phosphatase specificity, Unknown Function; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.58 Å
零角强度 I(0) i0	69609900.00
分子量 molecular_weight	68395.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86871 Å³
包络体积 envelope_volume	100650 Å³
水化壳体积 shell_volume	32384 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.30 Å
包络 Rg envelope_rg	25.59 Å
形状 Rg shape_rg	25.57 Å
总 Rg total_rg	26.44 Å
总原子数 total_atoms	4833
残基数 n_residues	596
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8950
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B
分子量 formula_weight	36819.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5038

MAEGERQPPPDSSEEAPPATQNFIIPKKEIHTVPDMGKWKRSQAYADYIGFILTLNEGVKGKKLTFEYRVSEAIEKLVALLNTLDRWIDETPPVDQPSRFGNKAYRTWYAKLDEEAENLVATVVPTHLAAAVPEVAVYLKESVGNSTRIDYGTGHEAAFAAFLCCLCKIGVLRVDDQIAIVFKVFNRYLEVMRKLQKTYRMEPAGSQGVWGLDDFQFLPFIWGSSQLIDHPYLEPRHFVDEKAVNENHKDYMFLECILFITEMKTGPFAEHSNQLWNISAVPSWSKVNQGLIRMYKAECLEKFPVIQHFKFGSLLPIHPVTSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2hv6a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.268 — PTPA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.268.1 — PTPA-like
家族 Family family	a.268.1.1 — PTPA-like

结构域编号 domain_id	d2hv6b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.268 — PTPA-like
超家族 Superfamily superfamily	a.268.1 — PTPA-like
家族 Family family	a.268.1.1 — PTPA-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2hv6A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain

结构域编号 domain_id	2hv6B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — Phosphotyrosyl phosphate activator, C-terminal lid domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.250 Å
晶胞边长 b length_b	42.790 Å
晶胞边长 c length_c	75.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/hv/2hv6/2hv6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/2hv6/2hv6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/2hv6/2hv6.dat

Crystal structure of the phosphotyrosyl phosphatase activator

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 2A, regulatory subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction