← 返回搜索
2hvr

Structure of T4 RNA Ligase 2 with Nicked 5'-Adenylated nucleic acid duplex containing a 3'-deoxyribonucleotide at the nick

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T4 RNA ligase 2

Enterobacteria phage T4

UniProt P32277

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 3 5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC)P*C)-3' × 1 5'-R(P*A)-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*T)-3' × 1 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 water × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 3 5'-D(*AP*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC)P*C)-3' × 1 5'-R(P*A)-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*T)-3' × 1 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1s68 2hvq

共 2 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2hvr 2hvr 2hvs 2hvs

共 4 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Y10A_BPT4
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–335； UniProt 1–334 作者链 B； PDB构建体 2–335； UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hvr
沉积日期 deposition_date2006-07-30
结构标题 titleStructure of T4 RNA Ligase 2 with Nicked 5'-Adenylated nucleic acid duplex containing a 3'-deoxyribonucleotide at the nick
关键词 keywordsRNA, LIGASE, LYSINE ADENYLATE, T4, PROTEIN DNA-RNA COMPLEX, LIGASE-RNA-DNA COMPLEX; LIGASE/RNA/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hvr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hvr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）27.72 Å
Rg（电子密度）27.48 Å
总 Rg28.06 Å
原子数3552
残基数366
排除体积60419 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2hvr__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2hvr__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2hvrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id2hvrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme
结构域编号 domain_id2hvrA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1810 — RNA ligase
结构域编号 domain_id2hvrB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
结构域编号 domain_id2hvrB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme
结构域编号 domain_id2hvrB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1810 — RNA ligase
▶

7. 引用文献 (1)