SAXSdb — 2hwx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomerase-binding protein EST1A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1239–1419	片段：PIN domain 突变：E1282C	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；20% Jeffamine 2000, 0.1M Hepes 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HWX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DOK Crystal structure of the PIN domain of human EST1A 提交 2006-05-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1239–1419（181 aa）片段：PIN domain, Residues 6-186	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；278 K；1.26M (NH4)2SO4, 0.1M CHES-NaOH, 0.2M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2DOK Crystal structure of the PIN domain of human EST1A 提交 2006-05-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1239–1419（181 aa）片段：PIN domain, Residues 6-186	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；278 K；1.26M (NH4)2SO4, 0.1M CHES-NaOH, 0.2M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2DOK Crystal structure of the PIN domain of human EST1A 提交 2006-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1239–1419（181 aa）片段：PIN domain, Residues 6-186 链 B 1239–1419（181 aa）片段：PIN domain, Residues 6-186	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；278 K；1.26M (NH4)2SO4, 0.1M CHES-NaOH, 0.2M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
2HWW Structure of PIN domain of human SMG6 提交 2006-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1239–1419（181 aa）片段：PIN Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；Jeffamine 2000 32%, 0.1M Hepes pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
2HWW Structure of PIN domain of human SMG6 提交 2006-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1239–1419（181 aa）片段：PIN Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；Jeffamine 2000 32%, 0.1M Hepes pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
2HWW Structure of PIN domain of human SMG6 提交 2006-08-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1239–1419（181 aa）片段：PIN Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；Jeffamine 2000 32%, 0.1M Hepes pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.267
4UM2 Crystal structure of the TPR domain of SMG6 提交 2014-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 580–1166（587 aa）片段：TETRATRICOPEPTIDE REPEAT, RESIDUES 580-1166	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；50MM MES PH 5.5, 200MM AMMONIUM ACETATE, 2.5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
8RXB Human UPF1 CH domain in complex with SMG6 peptide 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 404–418（15 aa）链 F 404–418（15 aa）链 G 404–418（15 aa）链 J 404–418（15 aa）链 N 404–418（15 aa）链 Q 404–418（15 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；solution (28% (w/v) PEG 3500, 0.2M Lithium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.8)	分辨率 2.60 Å R-free 0.295

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EST1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 1239–1419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hwx
沉积日期 deposition_date	2006-08-02
结构标题 title	Structure of human SMG6 E1282C PIN domain mutant.
关键词 keywords	RNA degradation, decay, NMD, EST1A, P bodies, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.29 Å
零角强度 I(0) i0	6703260.00
分子量 molecular_weight	18818.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23702 Å³
包络体积 envelope_volume	28104 Å³
水化壳体积 shell_volume	14827 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	22.15 Å
包络 Rg envelope_rg	16.89 Å
形状 Rg shape_rg	16.25 Å
总 Rg total_rg	17.49 Å
总原子数 total_atoms	1321
残基数 n_residues	165
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.9 Å
Rg (实空间) rg_real	17.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7030e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2880e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6703000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7471
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	0.116
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1607000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.586; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2hwxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.360 Å
晶胞边长 b length_b	73.340 Å
晶胞边长 c length_c	37.309 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1992
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2388

描述 description	Telomerase-binding protein EST1A
分子量 formula_weight	20566.7 kDa
突变 mutation	E1282C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1507

Structure of human SMG6 E1282C PIN domain mutant.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomerase-binding protein EST1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

fit	/app/data/saxs_computation/hw/2hwx/2hwx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hw/2hwx/2hwx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hw/2hwx/2hwx.dat