2hxa

Crystal structure of Cu(I) Azurin with the metal-binding loop sequence "CTFPGHSALM" replaced with "CSPHQGAGM", at pH3.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Azurin

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P00282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 突变:Metal binding loop CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;29-31% PEG 4000, 100mM magnesium chloride, 100mM Sodium acetate. Crystal soaked in ascorbate and pH3.5 buffer following growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.21 Å R-free 0.267
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–148 突变:Metal binding loop CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;293 K;29-31% PEG 4000, 100mM magnesium chloride, 100mM Sodium acetate. Crystal soaked in ascorbate and pH3.5 buffer following growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.21 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、269 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AZUR_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–127; UniProt 21–148 作者链 B; PDB构建体 1–127; UniProt 21–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hxa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hxa
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hxa
沉积日期 deposition_date2006-08-03
结构标题 titleCrystal structure of Cu(I) Azurin with the metal-binding loop sequence "CTFPGHSALM" replaced with "CSPHQGAGM", at pH3.5
关键词 keywordsBLUE COPPER-BINDING PROTEIN, GREEK-KEY BETA-BARREL, LOOP MUTAGENESIS, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.62
零角强度 I(0) i014440900.00
分子量 molecular_weight27077.0 kDa
排除体积 excluded_volume33230 ų
包络体积 envelope_volume39466 ų
水化壳体积 shell_volume16746 ų
包络直径 envelope_diameter80.2
壳层 Rg shell_rg26.52
包络 Rg envelope_rg22.09
形状 Rg shape_rg21.62
总 Rg total_rg22.27
总原子数 total_atoms1884
残基数 n_residues252
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.3
Rg (实空间) rg_real22.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real1.4440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14440000.0000
解质量估计 total_estimate0.7645
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis0.033
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3648000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.494; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.461; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2hxaa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd2hxab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2hxaA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2hxaB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)