2hyb

Crystal Structure of Hexameric DsrEFH

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative sulfurtransferase dsrE

Allochromatium vinosum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSRE_CHRVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 D； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 J； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 M； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 P； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Intracellular sulfur oxidation protein dsrF

Allochromatium vinosum

UniProt O87897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） DsrH × 2 （O87898） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSRF_CHRVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 H； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 K； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 N； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 Q； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

DsrH

Allochromatium vinosum

UniProt O87898

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Putative sulfurtransferase dsrE × 2 （O87896） Intracellular sulfur oxidation protein dsrF × 2 （O87897） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O87898_CHRVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 I； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 L； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 O； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 R； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hyb
沉积日期 deposition_date	2006-08-04
结构标题 title	Crystal Structure of Hexameric DsrEFH
关键词 keywords	;DsrE, DsrF, DsrH, Sulfur, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Berkeley Structural Genomics Center, BSGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hyb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hyb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hyb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.87 Å
Rg（电子密度）	24.56 Å
总 Rg	25.46 Å
原子数	5731
残基数	726
排除体积	101450 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hyb__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hyb__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2hyb__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative sulfurtransferase dsrE
分子量 formula_weight	14607.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	17611

MKFALQINEGPYQHQASDSAYQFAKAALEKGHEIFRVFFYHDGVNNSTRLTTPPQDDRHIVNRWAELAEQYELDMVVCVAAAQRRGIVDEGEASRNGKDATNIHPKFRISGLGQLVEAAIQADRLVVFGD

来源 Source

来源生物 organism	Allochromatium vinosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intracellular sulfur oxidation protein dsrF
分子量 formula_weight	15606.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

MSEVVKKFMYLNRKAPYGTIYAWEALEVVLIGAAFDQDVCVLFLDDGVYQLTRGQDTKGIGMKNFSPTYRTLGDYEVRRIYVDRDSLEARGLTQDDLVEIAFEDMETEEEFDNIVEVIDSARVSELMNESDAVFSF

来源 Source

来源生物 organism	Allochromatium vinosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DsrH
分子量 formula_weight	11094.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

MSILHTVNKSPFERNSLESCLKFATEGASVLLFEDGIYAALAGTRVESQVTEALGKLKLYVLGPDLKARGFSDERVIPGISVVDYAGFVDLTTECDTVQAWL

来源 Source

来源生物 organism	Allochromatium vinosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	418

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d2hyba_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2hybd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2hybg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2hybj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2hybm_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybo_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2hybp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybq_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2hybr_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	2hybA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybQ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2hybR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

▶

晶胞边长 a length_a	56.610 Å
晶胞边长 b length_b	183.110 Å
晶胞边长 c length_c	107.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2620

Crystal Structure of Hexameric DsrEFH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative sulfurtransferase dsrE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intracellular sulfur oxidation protein dsrF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DsrH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hyb__assembly_2__model_1

2hyb__assembly_2__model_1 | I(q)

2hyb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Hexameric DsrEFH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative sulfurtransferase dsrE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intracellular sulfur oxidation protein dsrF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DsrH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hyb__assembly_2__model_1

2hyb__assembly_2__model_1 | I(q)

2hyb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)