2i52

Crystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, Pfam DUF372

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

Picrophilus torridus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 7 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 10 GLYCEROL × 2 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	CALCIUM ION × 24 CHLORIDE ION × 2 GLYCEROL × 8 water × 12	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	CALCIUM ION × 24 CHLORIDE ION × 2 GLYCEROL × 8 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6L2J9_PICTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120 作者链 B； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120 作者链 C； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120 作者链 D； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120 作者链 E； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120 作者链 F； PDB构建体 3–121； UniProt 2–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2i52
沉积日期 deposition_date	2006-08-23
结构标题 title	Crystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, Pfam DUF372
关键词 keywords	;structural genomics, UNKNOWN FUNCTION, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC ;; STRUCTURAL GENOMICS, UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2i52__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2i52__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2i52__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.60 Å
Rg（电子密度）	40.60 Å
总 Rg	40.81 Å
原子数	11290
残基数	1394
排除体积	202460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2i52__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2i52__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2i52__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2i52__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hypothetical protein
分子量 formula_weight	13773.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	6469

SLYDPAEKYFNCTDIQRAFFEAGIKLGAIFHQYTGIPVNSENASMAEEFIERSTMIQPFVENVRISINNVKRSSGTYSYSSLNEKMLHAEVLINYNGKKVLGVLNYDEGLDYPVMYAKEVL

来源 Source

来源生物 organism	Picrophilus torridus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	263820
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	597

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2i52a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i52b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i52c2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i52d2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i52e2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i52f2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.316 — MK0786-like
超家族 Superfamily superfamily	d.316.1 — MK0786-like
家族 Family family	d.316.1.1 — MK0786-like

结构域编号 domain_id	d2i52f3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2i52A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

结构域编号 domain_id	2i52B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

结构域编号 domain_id	2i52C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

结构域编号 domain_id	2i52D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

结构域编号 domain_id	2i52E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

结构域编号 domain_id	2i52F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD)

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晶胞边长 a length_a	90.764 Å
晶胞边长 b length_b	143.485 Å
晶胞边长 c length_c	129.799 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	40.200 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2250

Crystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, Pfam DUF372

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2i52__assembly_3__model_1

2i52__assembly_3__model_1 | I(q)

2i52__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of protein PTO0218 from Picrophilus torridus, Pfam DUF372

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2i52__assembly_3__model_1

2i52__assembly_3__model_1 | I(q)

2i52__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)