SAXSdb — 2i5b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphomethylpyrimidine kinase

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THID_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 B； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 C； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 D； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271 作者链 E； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2i5b
沉积日期 deposition_date	2006-08-24
结构标题 title	The crystal structure of an ADP complex of Bacillus subtilis pyridoxal kinase provides evidence for the parralel emergence of enzyme activity during evolution
关键词 keywords	ADP complex, PdxK, thiD, ribokinase superfamily, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2i5b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2i5b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2i5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.26 Å
Rg（电子密度）	23.34 Å
总 Rg	24.20 Å
原子数	4000
残基数	527
排除体积	71509 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2i5b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2i5b__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2i5b__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2i5bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	2i5bB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	2i5bC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	2i5bD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	2i5bE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

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晶胞边长 a length_a	102.499 Å
晶胞边长 b length_b	102.499 Å
晶胞边长 c length_c	251.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	12.870 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2740

描述 description	Phosphomethylpyrimidine kinase
分子量 formula_weight	29047.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,B,E
原子数 atom_count	10067

The crystal structure of an ADP complex of Bacillus subtilis pyridoxal kinase provides evidence for the parralel emergence of enzyme activity during evolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphomethylpyrimidine kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2i5b__assembly_1__model_1

2i5b__assembly_1__model_1 | I(q)

2i5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

The crystal structure of an ADP complex of Bacillus subtilis pyridoxal kinase provides evidence for the parralel emergence of enzyme activity during evolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphomethylpyrimidine kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2i5b__assembly_1__model_1

2i5b__assembly_1__model_1 | I(q)

2i5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)