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2i82

Crystal structure of pseudouridine synthase RluA: indirect sequence readout through protein-induced RNA structure

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal large subunit pseudouridine synthase A

Escherichia coli

UniProt P0AA37

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 1 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3' × 1 (5S,6R)-5-FLUORO-6-HYDROXYDIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 water × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 1 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3' × 1 water × 2 与全部聚合物一致
3 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 1 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3' × 1 (5S,6R)-5-FLUORO-6-HYDROXYDIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE × 1 water × 2 与全部聚合物一致
4 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 1 5'-R(*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*C)-3' × 1 water × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2i82 2i82 2i82 2i82

共 4 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RLUA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 B； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 C； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218 作者链 D； PDB构建体 1–217； UniProt 2–218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2i82
沉积日期 deposition_date2006-08-31
结构标题 titleCrystal structure of pseudouridine synthase RluA: indirect sequence readout through protein-induced RNA structure
关键词 keywordspseudouridine synthase, Lyase-RNA COMPLEX; Lyase/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2i82__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2i82__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2i82__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）18.98 Å
Rg（电子密度）18.08 Å
总 Rg18.83 Å
原子数2177
残基数230
排除体积37248 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2i82__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2i82__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2i82__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2i82__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2i82A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pseudouridine synthase
结构域编号 domain_id2i82B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pseudouridine synthase
结构域编号 domain_id2i82C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pseudouridine synthase
结构域编号 domain_id2i82D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pseudouridine synthase
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7. 引用文献 (1)