SAXSdb — 2i8b

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor nucleoprotein VP30

Zaire ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 142–272 链 B； UniProt 142–272	片段：C-terminal domain, residues 142-272 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M ammonium acetate, 15mM magnesium acetate tetrahydrate, 0.05M sodium cacodylate, 10%(v/v) isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2I8B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5DVW Structure of minor nucleoprotein V30 from Zaire ebolavirus 提交 2015-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 142–272（131 aa）片段：UNP residues 142-272 链 B 142–272（131 aa）片段：UNP residues 142-272	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；Molecular Dimensions Morpheus screen e12: 40mM each Di-Ethyleneglycol, Tri-Ethyleneglycol, TetraEthyleneglycol, Penta-Ethyleneglycol; 12.% each MPD, PEG 1000; PEG 3350; 100mM Tris(base)/Bicine pH 8.5; EbzaA.17250.a.EW11.PD00370 at 22 mg/ml, tray 262514e12, puck otj5-3; cryo: direct	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
5DVW Structure of minor nucleoprotein V30 from Zaire ebolavirus 提交 2015-09-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 142–272（131 aa）片段：UNP residues 142-272 链 D 142–272（131 aa）片段：UNP residues 142-272	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；Molecular Dimensions Morpheus screen e12: 40mM each Di-Ethyleneglycol, Tri-Ethyleneglycol, TetraEthyleneglycol, Penta-Ethyleneglycol; 12.% each MPD, PEG 1000; PEG 3350; 100mM Tris(base)/Bicine pH 8.5; EbzaA.17250.a.EW11.PD00370 at 22 mg/ml, tray 262514e12, puck otj5-3; cryo: direct	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 B 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 D 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 F 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 H 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5T3T Ebola virus VP30 CTD bound to nucleoprotein 提交 2016-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288 链 J 139–288（150 aa）片段：UNP P18272 residues 600-627,UNP Q05323 residues 139-288	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；298 K；0.3 uL of 20 mg/mL protein mixed with 0.3 uL of 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.9	分辨率 2.20 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP30_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–152； UniProt 142–272 作者链 B； PDB构建体 22–152； UniProt 142–272

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2i8b
沉积日期 deposition_date	2006-09-01
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30
关键词 keywords	VP30 Ebola virus protein, transcription, RNA binding, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.92 Å
零角强度 I(0) i0	15073800.00
分子量 molecular_weight	29411.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36985 Å³
包络体积 envelope_volume	44686 Å³
水化壳体积 shell_volume	19155 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.87 Å
包络 Rg envelope_rg	20.18 Å
形状 Rg shape_rg	19.96 Å
总 Rg total_rg	20.68 Å
总原子数 total_atoms	2054
残基数 n_residues	255
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8014
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.816; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2i8bA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

结构域编号 domain_id	2i8bB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1160 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	58.370 Å
晶胞边长 b length_b	63.590 Å
晶胞边长 c length_c	80.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1974
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2406

描述 description	Minor nucleoprotein VP30
分子量 formula_weight	17535.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2253

Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Minor nucleoprotein VP30

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

fit	/app/data/saxs_computation/i8/2i8b/2i8b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/2i8b/2i8b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/2i8b/2i8b.dat