2id4

The 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chloromethyl ketone inhibitor.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kexin

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Ac-RERK-CMK inhibitor × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 MALONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Ac-RERK-CMK inhibitor × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 2 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KEX2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 114–613 作者链 B； PDB构建体 1–500； UniProt 114–613

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2id4
沉积日期 deposition_date	2006-09-14
结构标题 title	The 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chloromethyl ketone inhibitor.
关键词 keywords	;KEX2, KEXIN, FURIN, PROPROTEIN, PROHORMONE, CONVERTASE, SUBTILISIN LIKE PROTEASE, SERINE PROTEASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2id4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2id4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2id4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.35 Å
Rg（电子密度）	22.36 Å
总 Rg	23.22 Å
原子数	3796
残基数	482
排除体积	66633 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2id4__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2id4__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kexin
分子量 formula_weight	55180.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.61
突变 mutation	Kex2-delta-613
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8487

APPMDSSLLPVKEAEDKLSINDPLFERQWHLVNPSFPGSDINVLDLWYNNITGAGVVAAIVDDGLDYENEDLKDNFCAEGSWDFNDNTNLPKPRLSDDYHGTRCAGEIAAKKGNNFCGVGVGYNAKISGIRILSGDITTEDEAASLIYGLDVNDIYSCSWGPADDGRHLQGPSDLVKKALVKGVTEGRDSKGAIYVFASGNGGTRGDNCNYDGYTNSIYSITIGAIDHKDLHPPYSEGCSAVMAVTYSSGSGEYIHSSDINGRCSNSHGGTSAAAPLAAGVYTLLLEANPNLTWRDVQYLSILSAVGLEKNADGDWRDSAMGKKYSHRYGFGKIDAHKLIEMSKTWENVNAQTWFYLPTLYVSQSTNSTEETLESVITISEKSLQDANFKRIEHVTVTVDIDTEIRGTTTVDLISPAGIISNLGVVRPRDVSSEGFKDWTFMSVAHWGENGVGDWKIKVKTTENGHRIDFHSWRLKLFGESIDSSKTETFVFGNDKEEVERQR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ac-RERK-CMK inhibitor
分子量 formula_weight	650.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XRERKX

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	711

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2id4a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.20 — Proprotein convertase P-domain

结构域编号 domain_id	d2id4a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d2id4b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.20 — Proprotein convertase P-domain

结构域编号 domain_id	d2id4b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2id4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	2id4A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	2id4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	2id4B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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晶胞边长 a length_a	112.851 Å
晶胞边长 b length_b	112.851 Å
晶胞边长 c length_c	370.165 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.790 Å
R 因子 r_factor	0.1785
R_work r_work	0.1771
R_free r_free	0.2060

The 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chloromethyl ketone inhibitor.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kexin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2id4__assembly_1__model_1

2id4__assembly_1__model_1 | I(q)

2id4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The 1.9 A structure of Kex2 in complex with an Ac-R-E-R-K-chloromethyl ketone inhibitor.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kexin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2id4__assembly_1__model_1

2id4__assembly_1__model_1 | I(q)

2id4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)