2ide

Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein C

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	PHOSPHATE ION × 6 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	PHOSPHATE ION × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SHE1_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 C； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 D； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 E； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 F； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 G； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 H； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 I； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 J； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 K； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 L； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ide
沉积日期 deposition_date	2006-09-15
结构标题 title	Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8
关键词 keywords	;MOAC, MOLYBDENUM COFACTOR (MOCO), MOCO BIOSYNTHESIS, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ide__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ide__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ide__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.13 Å
Rg（电子密度）	25.86 Å
总 Rg	26.66 Å
原子数	6647
残基数	886
排除体积	120130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ide__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ide__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Molybdenum cofactor biosynthesis protein C
分子量 formula_weight	16946.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	14850

MDLTHFQDGRPRMVDVTEKPETFRTATAEAFVELTEEALSALEKGGVGKGDPLVVAQLAGILAAKKTADLIPLCHPLPLTGVEVRVELLKAEKRVRIEATVKTKAETGVEMEAMTACAVAALTVYDMLKAASKGLVISQVRLLHKAGGKSGEWRREQ

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1584

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2idea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ideb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idec_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ided_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idee_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idef_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ideg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2ideh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idei_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idej_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idek_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2idel_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.21 — Molybdenum cofactor biosynthesis protein C, MoaC
家族 Family family	d.58.21.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2ideA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

结构域编号 domain_id	2ideL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 — Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain

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晶胞边长 a length_a	64.809 Å
晶胞边长 b length_b	109.836 Å
晶胞边长 c length_c	115.192 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.660 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2260

Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ide__assembly_2__model_1

2ide__assembly_2__model_1 | I(q)

2ide__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein C (TTHA1789) from Thermus Theromophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ide__assembly_2__model_1

2ide__assembly_2__model_1 | I(q)

2ide__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)