SAXSdb — 2io1

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 364–589	片段：catalytic domain 突变：C548S	Small ubiquitin-related modifier 3 precursor × 1 （P55854）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 364–589	片段：catalytic domain 突变：C548S	Small ubiquitin-related modifier 3 precursor × 1 （P55854）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 364–589	片段：catalytic domain 突变：C548S	Small ubiquitin-related modifier 3 precursor × 1 （P55854）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IO1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TGZ Structure of human Senp2 in complex with SUMO-1 提交 2004-05-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
1TGZ Structure of human Senp2 in complex with SUMO-1 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
1TH0 Structure of human Senp2 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；277 K；20% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 3% XYLITOL, 50MM SODIUM CITRATE, PH6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
1TH0 Structure of human Senp2 提交 2004-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；277 K；20% PEG 4000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 3% XYLITOL, 50MM SODIUM CITRATE, PH6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2IO0 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-2 提交 2006-10-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
2IO2 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-1 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
2IO3 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-2 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 364–589（226 aa）片段：catalytic domain	突变：C548S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306
3ZO5 Structure of SENP2-Loop1 in complex with preSUMO-2 提交 2013-02-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 363–392（30 aa）片段：RESIDUES 363-589 链 A 395–589（195 aa）片段：RESIDUES 363-589	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5AEK Crystal structure of the human SENP2 C548S in complex with the human SUMO1 K48M F66W 提交 2014-12-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 366–589（224 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；2M AMMONIUM SULFATE, 5% PEG 400, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.326

共 7 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SENP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–232； UniProt 364–589 作者链 C； PDB构建体 7–232； UniProt 364–589 作者链 E； PDB构建体 7–232； UniProt 364–589

Small ubiquitin-related modifier 3 precursor

Homo sapiens

UniProt P55854

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 14–103	未记录	Sentrin-specific protease 2 × 1 （Q9HC62）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 14–103	未记录	Sentrin-specific protease 2 × 1 （Q9HC62）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 14–103	未记录	Sentrin-specific protease 2 × 1 （Q9HC62）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；7% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IO1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U4A Solution structure of human SUMO-3 C47S 提交 2004-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–92（79 aa）片段：ubiquitin-like domain	突变：C47S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.25；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM phosphate buffer, 75mM Nacl；压力 1 NMR样品组成 0.8mM 15N-labeled protein \| 25mM phosphate buffer, 75mM Nacl 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.6mM 13C,15N-labeled protein \| 25mM phosphate buffer, 75mM Nacl 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
2MP2 Solution structure of SUMO dimer in complex with SIM2-3 from RNF4 提交 2014-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 12–92（81 aa）片段：UNP residues 12-92 链 B 2–90（89 aa）片段：UNP residues 2-90	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 1, 0.3 mM SUMO 2, 1.0 mM RNF4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM SUMO 1, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 2, 1.0 mM RNF4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 1, 0.3 mM SUMO 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM SUMO 1, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUMO 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6K5R Complex of SUMO2 with Phosphorylated viral SIM IE2 提交 2019-05-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–91（77 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）162.7；压力 1 NMR样品组成 0.3 mM [U-15N] SUMO2, 3 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] SUMO2, 1.5 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3 mM Phosphorylated SIM from viral protein IE2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6NNQ Non-covalent structure of SENP1 in complex with SUMO2 提交 2019-01-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–92（78 aa）片段：residues 15-92	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.277
7R2E Structure of human Senp7 with SUMO2 提交 2022-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 16–91（76 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Sodium HEPES 7.0, 15 % w/v PEG 20,000	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
7R2E Structure of human Senp7 with SUMO2 提交 2022-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 16–91（76 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Sodium HEPES 7.0, 15 % w/v PEG 20,000	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–91（90 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2	分辨率 2.17 Å R-free 0.238
7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–91（90 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2	分辨率 2.17 Å R-free 0.238
9GNN Structure of SENP5 in complex with SUMO2 提交 2024-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 14–91（78 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, Phosphate/citrate 4.2, 20 % w/v PEG 8000	分辨率 2.36 Å R-free 0.283
9GNN Structure of SENP5 in complex with SUMO2 提交 2024-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 14–91（78 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium chloride, Phosphate/citrate 4.2, 20 % w/v PEG 8000	分辨率 2.36 Å R-free 0.283

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMO3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–94； UniProt 14–103 作者链 D； PDB构建体 5–94； UniProt 14–103 作者链 F； PDB构建体 5–94； UniProt 14–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2io1
沉积日期 deposition_date	2006-10-09
结构标题 title	Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3
关键词 keywords	SUMO, Ubiquitin, Senp, Ulp, complex, PROTEIN BINDING, HYDROLASE; PROTEIN BINDING, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.41 Å
零角强度 I(0) i0	178635000.00
分子量 molecular_weight	107110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134450 Å³
包络体积 envelope_volume	169770 Å³
水化壳体积 shell_volume	44379 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.06 Å
包络 Rg envelope_rg	30.99 Å
形状 Rg shape_rg	31.41 Å
总 Rg total_rg	32.04 Å
总原子数 total_atoms	7538
残基数 n_residues	914
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	178600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8390
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.104
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.642
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sentrin-specific protease 2
分子量 formula_weight	27342.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	C548S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7816

GSHMASDLLELTEDMEKEISNALGHGPQDEILSSAFKLRITRGDIQTLKNYHWLNDEVINFYMNLLVERNKKQGYPALHVFSTFFYPKLKSGGYQAVKRWTKGVNLFEQEIILVPIHRKVHWSLVVIDLRKKCLKYLDSMGQKGHRICEILLQYLQDESKTKRNSDLNLLEWTHHSMKPHEIPQQLNGSDSGMFTCKYADYISRDKPITFTQHQMPLFRKKMVWEILHQQLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier 3 precursor
分子量 formula_weight	10589.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

GSHMNDHINLKVAGQDGSVVQFKIKRHTPLSKLMKAYCERQGLSMRQIRFRFDGQPINETDTPAQLEMEDEDTIDVFQQQTGGVPESSLAGHSF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	278

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2io1a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2io1b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2io1c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2io1d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2io1e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2io1f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2io1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2io1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2io1C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2io1D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2io1E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2io1F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	141.980 Å
晶胞边长 b length_b	143.360 Å
晶胞边长 c length_c	134.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2300

fit	/app/data/saxs_computation/io/2io1/2io1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/2io1/2io1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/2io1/2io1.dat

Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sentrin-specific protease 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ubiquitin-related modifier 3 precursor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)