SAXSdb — 2ioa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 4 D-GAMMA-GLUTAMYL-N-{[(R)-{4-[(4-AMINOBUTYL)AMINO]BUTYL}(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]METHYL}-D-ALANINAMIDE × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–619； UniProt 1–619 作者链 B； PDB构建体 1–619； UniProt 1–619

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ioa
沉积日期 deposition_date	2006-10-10
结构标题 title	E. coli Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase Incomplex with Mg2+ and ADP and phosphinate inhibitor
关键词 keywords	Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase, LIGASE, HYDROLASE; LIGASE, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ioa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ioa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ioa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.63 Å
Rg（电子密度）	33.68 Å
总 Rg	34.22 Å
原子数	9632
残基数	1178
排除体积	170940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ioa__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase
分子量 formula_weight	70611.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.1.8, 3.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10089

MSKGTTSQDAPFGTLLGYAPGGVAIYSSDYSSLDPQEYEDDAVFRSYIDDEYMGHKWQCVEFARRFLFLNYGVVFTDVGMAWEIFSLRFLREVVNDNILPLQAFPNGSPRAPVAGALLIWDKGGEFKDTGHVAIITQLHGNKVRIAEQNVIHSPLPQGQQWTRELEMVVENGCYTLKDTFDDTTILGWMIQTEDTEYSLPQPEIAGELLKISGARLENKGQFDGKWLDEKDPLQNAYVQANGQVINQDPYHYYTITESAEQELIKATNELHLMYLHATDKVLKDDNLLALFDIPKILWPRLRLSWQRRRHHMITGRMDFCMDERGLKVYEYNADSASCHTEAGLILERWAEQGYKGNGFNPAEGLINELAGAWKHSRARPFVHIMQDKDIEENYHAQFMEQALHQAGFETRILRGLDELGWDAAGQLIDGEGRLVNCVWKTWAWETAFDQIREVSDREFAAVPIRTGHPQNEVRLIDVLLRPEVLVFEPLWTVIPGNKAILPILWSLFPHHRYLLDTDFTVNDELVKTGYAVKPIAGRCGSNIDLVSHHEEVLDKTSGKFAEQKNIYQQLWCLPKVDGKYIQVCTFTVGGNYGGTCLRGDESLVIKKESDIEPLIVVKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D-GAMMA-GLUTAMYL-N-{[(R)-{4-[(4-AMINOBUTYL)AMINO]BUTYL}(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]METHYL}-D-ALANINAMIDE
分子量 formula_weight	517.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	457

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ioaa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamily	c.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family family	c.30.1.7 — Glutathionylspermidine synthase substrate-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2ioaa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.15 — CHAP domain

结构域编号 domain_id	d2ioaa3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.8 — Glutathionylspermidine synthase ATP-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2ioab1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamily	c.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family family	c.30.1.7 — Glutathionylspermidine synthase substrate-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d2ioab2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.15 — CHAP domain

结构域编号 domain_id	d2ioab3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family family	d.142.1.8 — Glutathionylspermidine synthase ATP-binding domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ioaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1720 — endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme)

结构域编号 domain_id	2ioaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1720 — endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme)

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晶胞边长 a length_a	60.030 Å
晶胞边长 b length_b	75.290 Å
晶胞边长 c length_c	84.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	70.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	74.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2427

E. coli Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase Incomplex with Mg2+ and ADP and phosphinate inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ioa__assembly_1__model_1

2ioa__assembly_1__model_1 | I(q)

2ioa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

E. coli Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase Incomplex with Mg2+ and ADP and phosphinate inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional glutathionylspermidine synthetase/amidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ioa__assembly_1__model_1

2ioa__assembly_1__model_1 | I(q)

2ioa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)