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2iqa

PFA2 FAB fragment, monoclinic apo form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 129.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain

物种未注明

UniProt A2NHM3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 1–219 未记录 IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain × 1 （Q811U5） ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION 分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–219 未记录 IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain × 1 （Q811U5） ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION 分辨率 2.00 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2IQA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ZEA Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide 提交 2005-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–216（216 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.78 Å R-free 0.248
2DTM Thermodynamic and structural analyses of hydrolytic mechanism by catalytic antibodies 提交 2006-07-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–219（219 aa） 片段：FAB FRAGMENT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；50mM Tris-HCl(pH 8.7), 16%(w/v) PEG4000, 0.1mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.25 Å R-free 0.278
2IPT PFA1 Fab Fragment 提交 2006-10-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–219（219 aa）
未记录 ACM ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M Hepes, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
2R0W PFA2 FAB complexed with Abeta1-8 提交 2007-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–219（219 aa） 片段：light chain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.3；295 K；25% PEG-MME 5000, 0.1 M OAc, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
2R0Z PFA1 FAB complexed with GripI peptide fragment 提交 2007-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–219（219 aa） 片段：light chain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；PEG, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.10 Å R-free 0.261
3EYS PFA1 Fab fragment complexed with pyro-Glu3-A-Beta (3-8) 提交 2008-10-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–219（219 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；25% w/v PEG2000-MME, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.256
3EYU PFA1 Fab fragment complexed with Ror2(518-525) 提交 2008-10-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–219（219 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M LiCl, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.71 Å R-free 0.248
4P3D MT1-MMP:Fab complex (Form II) 提交 2014-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–217（217 aa）
链 L 1–217（217 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes
分辨率 1.95 Å R-free 0.210
4TPR Structure of Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric
链 L 1–218（218 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 33O 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25 % w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
4TQE Structure of tau peptide in complex with Tau5 antibody Fab fragment 提交 2014-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–218（218 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M lithium sulphate, 30% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.197
6PXR Anti-TAU BIIB092 FAB with TAU peptide 提交 2019-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 103–219（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 20% w/v PEG2000 MME, 200 mM trimethylamine N-oxide, 100 mM non-detergent sulfobetaine 201
分辨率 1.56 Å R-free 0.268
7A6C Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and elacridar 提交 2020-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–219（219 aa）
未记录 R0Z elacridar × 2 CLR CHOLESTEROL × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A2NHM3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 L； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

IgG2a Fab fragment PFA2 heavy chain

物种未注明

UniProt Q811U5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–118 未记录 IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain × 1 （A2NHM3） ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION 分辨率 2.00 Å R-free 0.279
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–118 未记录 IgG2a Fab fragment PFA2 Kappa light chain × 1 （A2NHM3） ACM ACETAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；0.1 M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION 分辨率 2.00 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2IQA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2R0W PFA2 FAB complexed with Abeta1-8 提交 2007-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–118（118 aa） 片段：Fd portion of heavy chain
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.3；295 K；25% PEG-MME 5000, 0.1 M OAc, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q811U5_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–123； UniProt 1–118 作者链 H； PDB构建体 1–123； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2iqa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2iqa
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2iqa
沉积日期 deposition_date2006-10-13
结构标题 titlePFA2 FAB fragment, monoclinic apo form
关键词 keywordspfa2, wwddd, cdr, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.96 Å
零角强度 I(0) i0142388000.00
分子量 molecular_weight95963.0 kDa
排除体积 excluded_volume119740 ų
包络体积 envelope_volume166190 ų
水化壳体积 shell_volume36606 ų
包络直径 envelope_diameter137.0 Å
壳层 Rg shell_rg41.77 Å
包络 Rg envelope_rg40.82 Å
形状 Rg shape_rg40.92 Å
总 Rg total_rg41.16 Å
总原子数 total_atoms6753
残基数 n_residues847
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.2 Å
Rg (实空间) rg_real41.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142300000.0000
解质量估计 total_estimate0.5681
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0 Å
偏度 Skewness skewness0.492
峰度 Kurtosis kurtosis-0.617
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9573000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.727; Smooth: 0.007
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2iqaa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2iqaa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2iqab_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2iqah_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2iqal1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2iqal2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2iqaA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2iqaL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)