SAXSdb — 2it8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–34	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3；285 K；压力 1 NMR测量条件：pH 3；300 K；压力 1 NMR样品组成：1.2 mM peptide, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.2 mM peptide, D2O \| D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IT8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HA9 SOLUTION STRUCTURE OF THE SQUASH TRYPSIN INHIBITOR MCoTI-II, NMR, 30 STRUCTURES. 提交 2001-04-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–34（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.4；290 K；压力 1 NMR测量条件 305 K NMR样品组成 2.5MM MCOTI-II	分辨率未提供
1IB9 SOLUTION STRUCTURE OF MCOTI-II, A MACROCYCLIC TRYPSIN INHIBITOR 提交 2001-03-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–34（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.5；293 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM MCoTI-II, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–21（16 aa）	突变：YES	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 7 UNX UNKNOWN LIGAND × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.	分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2C4B Inhibitor cystine knot protein McoEeTI fused to the catalytically inactive barnase mutant H102A 提交 2005-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 6–21（16 aa）	突变：YES	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 FMT FORMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 10 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.3 M AMMONIUM SULPHATE, 7% PEG400 (V/V), 0.1 M MES PH 6.5 AS RESERVOIR SOLUTION. DROPLETS MIXED FROM 8 UL PROTEIN (30 MG/ML) AND 4 UL RESERVOIR. SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. 4 DEG. C.	分辨率 1.30 Å R-free 0.164
2PO8 The structure of a two-disulfide intermediate of MCoTI-II 提交 2007-04-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–34（27 aa）链 A 1–7（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 2；298 K；压力 atmospheric NMR样品组成 0.6 mM peptide, 0.1% TFA, pH 2, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4GUX Crystal structure of trypsin:MCoTi-II complex 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–34（34 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；28% PEG3350, 0.24M ammonium acetate, 0.1M BisTris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4GUX Crystal structure of trypsin:MCoTi-II complex 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–34（34 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；28% PEG3350, 0.24M ammonium acetate, 0.1M BisTris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4GUX Crystal structure of trypsin:MCoTi-II complex 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–34（34 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；28% PEG3350, 0.24M ammonium acetate, 0.1M BisTris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.194

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITR2_MOMCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–29； UniProt 6–34

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2it8
沉积日期 deposition_date	2006-10-19
结构标题 title	Solution structure of a linear analog of the cyclic squash trypsin inhibitor MCoTI-II
关键词 keywords	PLANT PROTEIN ANALOG, KNOTTIN, CYSTINE-KNOT, 3-10 HELIX, TRIPLE-STRANDED ANTI-PARALLEL BETA-SHEET, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	7.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	8.22 Å
零角强度 I(0) i0	155142000.00
分子量 molecular_weight	92301.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110930 Å³
包络体积 envelope_volume	6624 Å³
水化壳体积 shell_volume	6178 Å³
包络直径 envelope_diameter	34.1 Å
壳层 Rg shell_rg	14.66 Å
包络 Rg envelope_rg	10.30 Å
形状 Rg shape_rg	8.24 Å
总 Rg total_rg	8.29 Å
总原子数 total_atoms	12570
残基数 n_residues	870
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	22.8 Å
Rg (实空间) rg_real	7.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	7.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	155100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6847
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	8.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.308
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	6.9480
最高正则化参数 α highest_alpha	5443.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 0.949; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.131

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2it8a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.2 — Plant inhibitors of proteinases and amylases
家族 Family family	g.3.2.1 — Plant inhibitors of proteinases and amylases

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Trypsin inhibitor 2
分子量 formula_weight	3077.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12570

fit	/app/data/saxs_computation/it/2it8/2it8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/it/2it8/2it8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/it/2it8/2it8.dat

Solution structure of a linear analog of the cyclic squash trypsin inhibitor MCoTI-II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trypsin inhibitor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)