2ivf

Ethylbenzene dehydrogenase from Aromatoleum aromaticum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I1） ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I2） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACETATE ION × 2 GLYCEROL × 8 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 MOLYBDENUM ATOM × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 1 PHOSPHATE ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5P5I0_AZOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–976； UniProt 1–976

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q5P5I1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I0） ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I2） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACETATE ION × 2 GLYCEROL × 8 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 MOLYBDENUM ATOM × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 1 PHOSPHATE ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5P5I1_AZOSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT

物种未注明

UniProt Q5P5I2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I0） ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT × 1 （Q5P5I1） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 ACETATE ION × 2 GLYCEROL × 8 IRON/SULFUR CLUSTER × 4 MOLYBDENUM ATOM × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 1 PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER × 1 PHOSPHATE ION × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5P5I2_AZOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ivf
沉积日期 deposition_date	2006-06-13
结构标题 title	Ethylbenzene dehydrogenase from Aromatoleum aromaticum
关键词 keywords	ANAEROBIC HYDROCARBON DEGRADATION, MOCO, FE/S CLUSTER, MO- BISMGD ENZYME, DMSO REDUCTASE FAMILY, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ivf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ivf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ivf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.74 Å
Rg（电子密度）	35.96 Å
总 Rg	36.17 Å
原子数	11821
残基数	1463
排除体积	209720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ivf__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT
分子量 formula_weight	110402.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.99.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12639

MTRDEMISVEPEAAELQDQHRRDFLKRSGAAVLSLSLSSLATGVVPGFLKDAQAGTKAPGYASWEDIYRKEWKWDKVNWGSHLNICWPQGSCKFYVYVRNGIVWREEQAAQTPACNVDYVDYNPLGCQKGSAFNNNLYGDERVKYPLKRVGKRGEGKWKRVSWDEAAGDIADSIIDSFEAQGSDGFILDAPHVHAGSIAWGAGFRMTYLMDGVSPDINVDIGDTYMGAFHTFGKMHMGYSADNLLDAELIFMTCSNWSYTYPSSYHFLSEARYKGAEVVVIAPDFNPTTPAADLHVPVRVGSDAAFWLGLSQVMIDEKLFDRQFVCEQTDLPLLVRMDTGKFLSAEDVDGGEAKQFYFFDEKAGSVRKASRGTLKLDFMPALEGTFSARLKNGKTIQVRTVFEGLREHLKDYTPEKASAKCGVPVSLIRELGRKVAKKRTCSYIGFSSAKSYHGDLMERSLFLAMALSGNWGKPGTGAFAWAYSDDNMVYLGVMSKPTAQGGMDELHQMAEGFNKRTLEADPTSTDEMGNIEFMKVVTSAVGLVPPAMWLYYHVGYDQLWNNKAWTDPALKKSFGAYLDEAKEKGWWTNDHIRPAPDKTPQVYMLLSQNPMRRKRSGAKMFPDVLFPKLKMIFALETRMSSSAMYADIVLPCAWYYEKHEMTTPCSGNPFFTFVDRSVAPPGECREEWDAIALILKKVGERAAARGLTEFNDHNGRKRRYDELYKKFTMDGHLLTNEDCLKEMVDINRAVGVFAKDYTYEKFKKEGQTRFLSMGTGVSRYAHANEVDVTKPIYPMRWHFDDKKVFPTHTRRAQFYLDHDWYLEAGESLPTHKDTPMVGGDHPFKITGGHPRVSIHSTHLTNSHLSRLHRGQPVVHMNSKDAAELGIKDGDMAKLFNDFADCEIMVRTAPNVQPKQCIVYFWDAHQYKGWKPYDILLIGMPKPLHLAGGYEQFRYYFMNGSPAPVTDRGVRVSIKKA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT
分子量 formula_weight	39737.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.99.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTYVQDGNKSELRKAKRQLVTVIDLNKCLGCQTCTVACKNIWTKRPGTEHMRWNNVTTYPGKGYPRDYERKGGGFLRGEPQPGVLPTLIDSGDDFQFNHKEVFYEGKGQTVHFHPTSKSTGKDPAWGYNWDEDQGGGKWPNPFFFYLARMCNHCTNPACLAACPTGAIYKREDNGIVLVDQERCKGHRHCVEACPYKAIYFNPVSQTSEKCILCYPRIEKGIANACNRQCPGRVRAFGYLDDTTSHVHKLVKKWKVALPLHAEYGTGPNIYYVPPMGARGFGEDGEITDKTRIPLDVLEGLFGPEVKRVLAVLHTERENMRAGRGSELMDLLISKKWSDRFGGFTNDPLTQS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT
分子量 formula_weight	23093.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.99.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKAKRVPGGKELLLDLDAPIWAGAESTTFEMFPTPLVMVKEVSPFLALSEGHGVIKRLDVAALHNGSMIALRLKWASEKHDKIVDLNSFVDGVGAMFPVARGAQAVTMGATGRPVNAWYWKANANEPMEIVAEGFSAVRRMKDKAGSDLKAVAQHRNGEWNVILCRSMATGDGLAKLQAGGSSKIAFAVWSGGNAERSGRKSYSGEFVDFEILK

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM ATOM
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	818

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ivfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1190 —

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晶胞边长 a length_a	112.532 Å
晶胞边长 b length_b	67.324 Å
晶胞边长 c length_c	114.765 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	46.420 Å
R 因子 r_factor	0.1500
R_work r_work	0.1480
R_free r_free	0.1830

Ethylbenzene dehydrogenase from Aromatoleum aromaticum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE ALPHA-SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE BETA-SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ETHYLBENZENE DEHYDROGENASE GAMMA-SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ivf__assembly_1__model_1

2ivf__assembly_1__model_1 | I(q)

2ivf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)