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2iwt

Thioredoxin h2 (HvTrxh2) in a mixed disulfide complex with the target protein BASI

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THIOREDOXIN H ISOFORM 2

HORDEUM VULGARE

UniProt Q7XZK2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–122 突变：YES ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR × 1 （P07596） FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 12% PEG6000 分辨率 2.30 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2IWT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2VLT Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in the oxidized state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.269
2VLT Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in the oxidized state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.269
2VLU Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in partially radiation-reduced state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.238
2VLU Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in partially radiation-reduced state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.238
2VLV Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in partially radiation-reduced state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.240
2VLV Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 2 in partially radiation-reduced state 提交 2008-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.240

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7XZK2_HORVD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–125； UniProt 1–122

ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR

HORDEUM VULGARE

UniProt P07596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 22–203 突变：YES THIOREDOXIN H ISOFORM 2 × 1 （Q7XZK2） FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；0.1 M CITRIC ACID PH 5.0, 12% PEG6000 分辨率 2.30 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2IWT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AVA AMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED 提交 1997-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 23–203（181 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7
分辨率 1.90 Å R-free 0.269
1AVA AMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED 提交 1997-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–203（181 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7
分辨率 1.90 Å R-free 0.269
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 23–203（181 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 15 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–203（181 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 9 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 23–203（181 aa）
链 D 23–203（181 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 48 NA SODIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.239

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IAAS_HORVU
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 8–189； UniProt 22–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2iwt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2iwt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2iwt
沉积日期 deposition_date2006-07-04
结构标题 titleThioredoxin h2 (HvTrxh2) in a mixed disulfide complex with the target protein BASI
关键词 keywords;PROTEASE INHIBITOR, DISULFIDE REDUCTASE, BASI, AMY2, REDOX, THIOREDOXIN, OXIDOREDUCTASE, SUBSTRATE RECOGNITION, DISULFIDE INTERMEDIATE, ALPHA-AMYLASE INHIBITOR, SERINE PROTEASE INHIBITOR ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.76 Å
零角强度 I(0) i018403600.00
分子量 molecular_weight32194.0 kDa
排除体积 excluded_volume40185 ų
包络体积 envelope_volume48720 ų
水化壳体积 shell_volume20131 ų
包络直径 envelope_diameter71.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.69 Å
包络 Rg envelope_rg20.92 Å
形状 Rg shape_rg20.74 Å
总 Rg total_rg21.65 Å
总原子数 total_atoms2271
残基数 n_residues291
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.5 Å
Rg (实空间) rg_real21.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8833
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9 Å
偏度 Skewness skewness0.383
峰度 Kurtosis kurtosis-0.343
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4543000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.954
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2iwta_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2iwtb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.1 — Kunitz (STI) inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2iwtA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id2iwtB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)