2iz1

6PDH complexed with PEX inhibitor synchrotron data

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

LACTOCOCCUS LACTIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID × 1 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 CHLORIDE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	6PGD_LACLM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–474； UniProt 1–472 作者链 B； PDB构建体 3–474； UniProt 1–472 作者链 C； PDB构建体 3–474； UniProt 1–472

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2iz1
沉积日期 deposition_date	2006-07-23
结构标题 title	6PDH complexed with PEX inhibitor synchrotron data
关键词 keywords	PENTOSE SHUNT, OXIDOREDUCTASE, GLUCONATE UTILIZATION; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2iz1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2iz1__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2iz1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.73 Å
Rg（电子密度）	29.88 Å
总 Rg	30.63 Å
原子数	7430
残基数	938
排除体积	132210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2iz1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2iz1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING
分子量 formula_weight	52777.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.44
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13480

HHMAQANFGVVGMAVMGKNLALNVESRGYTVAIYNRTTSKTEEVFKEHQDKNLVFTKTLEEFVGSLEKPRRIMLMVQAGAATDATIKSLLPLLDIGDILIDGGNTHFPDTMRRNAELADSGINFIGTGVSGGEKGALLGPSMMPGGQKEAYDLVAPIFEQIAAKAPQDGKPCVAYMGANGAGHYVKMVHNGIEYGDMQLIAESYDLLKRILGLSNAEIQAIFEEWNEGELDSYLIEITKEVLKRKDDEGEGYIVDKILDKAGNKGTGKWTSESALDLGVPLPLITESVFARYISTYKDERVKASKVLSGPALDFSGDKKEVIEKIRKALYFSKIMSYAQGFAQLRKASEEFDWDLPYGTIAQIWRAGCIIRAEFLQNITDAFDKDSELENLLLDDYFVDITKRYQEAVRDVVSLAVQAGTPIPTFTSAISYYDSYRSENLPANLIQAQRDYFGAHTYERTDKAGIFHYDWYTED

来源 Source

来源生物 organism	LACTOCOCCUS LACTIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1358
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID
分子量 formula_weight	231.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1899

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d2iz1a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2iz1a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2iz1b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2iz1b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2iz1b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2iz1c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2iz1c2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.100 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.100.1 — 6-phosphogluconate dehydrogenase C-terminal domain-like
家族 Family family	a.100.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2iz1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2iz1A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2iz1A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — 6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3

结构域编号 domain_id	2iz1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2iz1B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2iz1B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — 6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3

结构域编号 domain_id	2iz1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	2iz1C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1040 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2

结构域编号 domain_id	2iz1C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — 6-Phosphogluconate Dehydrogenase, domain 3

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晶胞边长 a length_a	71.069 Å
晶胞边长 b length_b	104.879 Å
晶胞边长 c length_c	240.542 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.080 Å
R 因子 r_factor	0.1400
R_work r_work	0.1370
R_free r_free	0.1980

6PDH complexed with PEX inhibitor synchrotron data

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2iz1__assembly_2__model_1

2iz1__assembly_2__model_1 | I(q)

2iz1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

6PDH complexed with PEX inhibitor synchrotron data

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-PHOSPHOGLUCONATE DEHYDROGENASE, DECARBOXYLATING

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2iz1__assembly_2__model_1

2iz1__assembly_2__model_1 | I(q)

2iz1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)