2j18

Chloroperoxidase mixture of ferric and ferrous states (low dose data set)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j18
沉积日期 deposition_date	2006-08-09
结构标题 title	Chloroperoxidase mixture of ferric and ferrous states (low dose data set)
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID, GLYCOPROTEIN, METAL-BINDING, IRON, HEME, CHLORIDE, MANGANESE, PEROXIDASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.52 Å
零角强度 I(0) i0	24030100.00
分子量 molecular_weight	36591.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45132 Å³
包络体积 envelope_volume	49905 Å³
水化壳体积 shell_volume	21730 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.74 Å
包络 Rg envelope_rg	18.92 Å
形状 Rg shape_rg	18.48 Å
总 Rg total_rg	19.55 Å
总原子数 total_atoms	2565
残基数 n_residues	298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8190
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.100
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6354000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	CHLOROPEROXIDASE
分子量 formula_weight	32746.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2959

QEPGSGIGYPYDNNTLPYVAPGPTDSRAPCPALNALANHGYIPHDGRAISRETLQNAFLNHMGIANSVIELALTNAFVVCEYVTGSDCGDSLVNLTLLAEPHAFEHDHSFSRKDYKQGVANSNDFIDNRNFDAETFQTSLDVVAGKTHFDYADMNEIRLQRESLSNELDFPGWFTESKPIQNVESGFIFALVSDFNLPDNDENPLVRIDWWKYWFTNESFPYHLGWHPPSPAREIEFVTSASSAVLAASVTSTPSSLPSGAIGPGAEAVPLSFASTMTPFLLATNAPYYAQDPTLGPND

来源 Source

来源生物 organism	CALDARIOMYCES FUMAGO
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5474
宿主生物 host_organism	CALDARIOMYCES FUMAGO

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 9 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	360

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2j18a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.3 — Cloroperoxidase
家族 Family family	a.39.3.1 — Cloroperoxidase

结构域编号 domain_id	d2j18a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.3 — Cloroperoxidase
家族 Family family	a.39.3.1 — Cloroperoxidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2j18A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	489 — Chloroperoxidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chloroperoxidase-like

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	57.730 Å
晶胞边长 b length_b	150.460 Å
晶胞边长 c length_c	100.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	19.750 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2060

fit	/app/data/saxs_computation/j1/2j18/2j18.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/2j18/2j18.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/2j18/2j18.dat