SAXSdb — 2j3t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A × 1 （O75865） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （Q5NCF2） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4 × 1 （Q9Y296） PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPPC3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–182； UniProt 1–180

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A

HOMO SAPIENS

UniProt O75865

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （Q5NCF2） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4 × 1 （Q9Y296） PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPC6A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1

MUS MUSCULUS

UniProt Q5NCF2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A × 1 （O75865） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4 × 1 （Q9Y296） PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPPC1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4

HOMO SAPIENS

UniProt Q9Y296

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A × 1 （O75865） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1 × 1 （Q5NCF2） PALMITIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPPC4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j3t
沉积日期 deposition_date	2006-08-23
结构标题 title	The crystal structure of the bet3-trs33-bet5-trs23 complex.
关键词 keywords	;TRAPP, PALMITATE, TRANSPORT, LIPOPROTEIN, ER-GOLGI TRANSPORT, GOLGI APPARATUS, PROTEIN TRANSPORT, VESICLE TRANSPORT, ENDOPLASMIC RETICULUM, MULTISUBUNIT TETHERING FACTOR ;; TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j3t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j3t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.21 Å
Rg（电子密度）	30.68 Å
总 Rg	31.20 Å
原子数	5264
残基数	665
排除体积	94650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j3t__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
分子量 formula_weight	20452.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5396

GAMSRQANRGTESKKMSSELFTLTYGALVTQLCKDYENDEDVNKQLDRMGYNIGVRLIEDFLARSNVGRCHDFRETADVIAKVAFKMYLGITPSITNWSPAGDEFSLILENNPLVDFVELPDNHSALIYSNLLCGVLRGALEMVQMAVEAKFVQDTLKGDGVTEIRMRFIRRIEDNLPAGEE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A
分子量 formula_weight	17620.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADTVLFEFLHTEMVAELWAHDPDPGPGGQKMSLSVLEGMGFRVGQALGERLPRETLAFREELDVLKFLCKDLWVAVFQKQMDSLRTNHQGTYVLQDNSFPLLLPMASGLQYLEEAPKFLAFTCGLLRGALYTLGIESVVTASVAALPVCKFQVVIPKS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1
分子量 formula_weight	16905.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTVHNLYLFDRNGVCLHYSEWHRKKQAGIPKEEEYKLMYGMLFSIRSFVSKMSPLDMKDGFLSFQTSRYKLHYYETPTGIKVVMNTDLGVGPIRDVLHHIYSALYVEFVVKNPLCPLGQTVQSELFRSRLDSYVRSLPFFSARAG

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4
分子量 formula_weight	24366.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAIFSVYVVNKAGGLIYQLDSYAPRAEAEKTFSYPLDLLLKLHDERVLVAFGQRDGIRVGHAVLAINGMDVNGRYTADGKEVLEYLGNPANYPVSIRFGRPRLTSNEKLMLASMFHSLFAIGSQLSPEQGSSGIEMLETDTFKLHCYQTLTGIKFVVLADPRQAGIDSLLRKIYEIYSDFALKNPFYSLEMPIRCELFDQNLKLALEVAEKAGTFGPGS

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	132

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2j3ta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.2 — TRAPP components

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2j3tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	2j3tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	2j3tC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2j3tD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	57.602 Å
晶胞边长 b length_b	66.336 Å
晶胞边长 c length_c	200.808 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2074
R_free r_free	0.2487

The crystal structure of the bet3-trs33-bet5-trs23 complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 6A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j3t__assembly_1__model_1

2j3t__assembly_1__model_1 | I(q)

2j3t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)