2j3w

The crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ZGC 92866 × 1 （Q6DGL5） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ZGC 92866 × 1 （Q6DGL5） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPPC2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–142； UniProt 1–140 作者链 C； PDB构建体 3–142； UniProt 1–140

ZGC 92866

BRACHYDANIO RERIO

UniProt Q6DGL5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2 × 1 （Q9CQP2） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2 × 1 （Q9CQP2） TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3 × 1 （O55013） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6DGL5_DANRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188 作者链 F； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3

MUS MUSCULUS

UniProt O55013

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2 × 1 （Q9CQP2） ZGC 92866 × 1 （Q6DGL5） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2 × 1 （Q9CQP2） ZGC 92866 × 1 （Q6DGL5） PALMITIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPPC3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–182； UniProt 1–180 作者链 E； PDB构建体 3–182； UniProt 1–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j3w
沉积日期 deposition_date	2006-08-23
结构标题 title	The crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex.
关键词 keywords	;MULTISUBUNIT TETHERING FACTOR, TRAPP, PALMITATE, TRANSPORT, LIPOPROTEIN, ER-GOLGI TRANSPORT, ENDOPLASMIC RETICULUM, TRANSCRIPTION, GOLGI APPARATUS, VESICLE TRANSPORT ;; TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j3w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j3w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j3w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.13 Å
Rg（电子密度）	25.21 Å
总 Rg	25.94 Å
原子数	3664
残基数	460
排除体积	65772 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j3w__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2j3w__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2
分子量 formula_weight	16705.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7597

LEMSGSFYFVIVGHHDNPVFEMEFLPPGKAESKDDHRHLNQFIAHAALDLVDENMWLSNNMYLKTVDKFNEWFVSAFVTAGHMRFIMLHDVRQEDGIKNFFTDVYDLYIKFAMNPFYEPNSPIRSSAFDRKVQFLGKKHLLS

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ZGC 92866
分子量 formula_weight	21059.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MEVRFTRGKSAILERSLTRPKTEVSVSAFALLFSEMVQYCQSRVYSVSELQARLADMGQGVGASLLDVLVMREKNGKRETKVLNILLFIKVNVWKALFGKEADKLEQANDDDKTYYIIEKEPLINAYISVPKENSTLNCAAFTGGIVEAILTHSGFPAKVTVHWHKGTTLMIKFDESVIARDKALDGR

来源 Source

来源生物 organism	BRACHYDANIO RERIO
通用名 common_name	ZEBRAFISH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3
分子量 formula_weight	20452.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

GAMSRQANRGTESKKMSSELFTLTYGALVTQLCKDYENDEDVNKQLDRMGYNIGVRLIEDFLARSNVGRCHDFRETADVIAKVAFKMYLGITPSITNWSPAGDEFSLILENNPLVDFVELPDNHSALIYSNLLCGVLRGALEMVQMAVEAKFVQDTLKGDGVTEIRMRFIRRIEDNLPAGEE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2j3wa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.3 — Sedlin (SEDL)

结构域编号 domain_id	d2j3wb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.2 — TRAPP components

结构域编号 domain_id	d2j3wc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.4 — SNARE-like
家族 Family family	d.110.4.3 — Sedlin (SEDL)

结构域编号 domain_id	d2j3wd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.2 — TRAPP components

结构域编号 domain_id	d2j3we_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.2 — TRAPP components

结构域编号 domain_id	d2j3wf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.278 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
超家族 Superfamily superfamily	d.278.1 — Ligand-binding domain in the NO signalling and Golgi transport
家族 Family family	d.278.1.2 — TRAPP components

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2j3wA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2j3wB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	2j3wC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2j3wD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	2j3wE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

结构域编号 domain_id	2j3wF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Trafficking protein particle complex subunit 3

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晶胞边长 a length_a	232.211 Å
晶胞边长 b length_b	63.063 Å
晶胞边长 c length_c	72.018 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2296
R_free r_free	0.2765

The crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ZGC 92866

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j3w__assembly_1__model_1

2j3w__assembly_1__model_1 | I(q)

2j3w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the bet3-trs31-sedlin complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ZGC 92866

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TRAFFICKING PROTEIN PARTICLE COMPLEX SUBUNIT 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j3w__assembly_1__model_1

2j3w__assembly_1__model_1 | I(q)

2j3w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)