2j4l

Crystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UTP to 2.8 Angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URIDYLATE KINASE

SULFOLOBUS SOLFATARICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 6 MAGNESIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 6 MAGNESIUM ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYRH_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 C； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 D； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 E； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 F； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 G； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 H； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227 作者链 L； PDB构建体 1–226； UniProt 2–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j4l
沉积日期 deposition_date	2006-09-01
结构标题 title	Crystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UTP to 2.8 Angstrom resolution
关键词 keywords	UMP KINASE, NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE, PYRIMIDINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS, ASPARTOKINASE FOLD, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j4l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j4l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j4l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.41 Å
Rg（电子密度）	31.61 Å
总 Rg	32.40 Å
原子数	10123
残基数	1274
排除体积	182320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j4l__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2j4l__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	URIDYLATE KINASE
分子量 formula_weight	25016.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	19613

MNIILKISGKFFDEDNVDNLIVLRQSIKELADNGFRVGIVTGGGSTARRYIKLAREIGIGEAYLDLLGIWASRLNAYLVMFSLQDLAYMHVPQSLEEFIQDWSHGKVVVTGGFQPGQSTAAVAALVAEASSSKTLVVATNVDGVYEKDPRIYADVKLIPHLTTQDLRKILEGSQSVQAGTYELLDPLAIKIVERSKIRVIVMNYRKLNRIIDILKGEEVSSIIEPV

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	484.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2j4la_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4ld_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4le_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4li_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4lk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j4ll_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2j4lA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	2j4lL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

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晶胞边长 a length_a	224.750 Å
晶胞边长 b length_b	79.030 Å
晶胞边长 c length_c	223.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.630 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2780

Crystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UTP to 2.8 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URIDYLATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j4l__assembly_1__model_1

2j4l__assembly_1__model_1 | I(q)

2j4l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UTP to 2.8 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URIDYLATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j4l__assembly_1__model_1

2j4l__assembly_1__model_1 | I(q)

2j4l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)