2j4u

E.coli OmpC - camel Lactoferrin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OUTER MEMBRANE PROTEIN C PRECURSOR

物种未注明

UniProt P06996

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 22–367 链 Q; UniProt 22–367 链 R; UniProt 22–367 片段:RESIDUES 22-367 LACTOTRANSFERRIN × 1 (Q9TUM0) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.99 Å R-free 0.282
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 22–367 链 V; UniProt 22–367 链 W; UniProt 22–367 片段:RESIDUES 22-367 LACTOTRANSFERRIN × 1 (Q9TUM0) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.99 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OMPC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 Q; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 R; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 U; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 V; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367 作者链 W; PDB构建体 1–346; UniProt 22–367

LACTOTRANSFERRIN

物种未注明

UniProt Q9TUM0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 20–64 片段:N-TERM FRAGMENT, RESIDUES 20-64 OUTER MEMBRANE PROTEIN C PRECURSOR × 3 (P06996) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.99 Å R-free 0.282
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 20–64 片段:N-TERM FRAGMENT, RESIDUES 20-64 OUTER MEMBRANE PROTEIN C PRECURSOR × 3 (P06996) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.99 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRFL_CAMDR
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–45; UniProt 20–64 作者链 X; PDB构建体 1–45; UniProt 20–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2j4u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2j4u
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2j4u
沉积日期 deposition_date2006-09-06
结构标题 titleE.coli OmpC - camel Lactoferrin complex
关键词 keywords;MEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE, MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX, IRON, OMPC, PORIN, COMPLEX, PROTEASE, HYDROLASE, MEMBRANE PROTEIN, ANTIACTERIAL PEPTIDE, ION TRANSPORT, IRON TRANSPORT, SERINE PROTEASE, TRANSPORT, LACTOFERRIN, GLYCOPROTEIN, METAL-BINDING ;; MEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.82
零角强度 I(0) i0870959000.00
分子量 molecular_weight233460.0 kDa
排除体积 excluded_volume287210 ų
包络体积 envelope_volume404220 ų
水化壳体积 shell_volume77399 ų
包络直径 envelope_diameter129.6
壳层 Rg shell_rg49.60
包络 Rg envelope_rg41.26
形状 Rg shape_rg42.82
总 Rg total_rg43.11
总原子数 total_atoms16534
残基数 n_residues2112
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.9
Rg (实空间) rg_real42.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real8.7100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal871200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8987
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.9
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha148200000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2j4up_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd2j4uq_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd2j4ur_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd2j4uu_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd2j4uv_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd2j4uw_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2j4uP00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id2j4uQ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id2j4uR00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id2j4uU00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id2j4uV00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id2j4uW00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)