2j59

Crystal structure of the ARF1:ARHGAP21-ArfBD complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10 × 1 （Q8NI19） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180 作者链 B； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180 作者链 C； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180 作者链 D； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180 作者链 E； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180 作者链 F； PDB构建体 3–166； UniProt 17–180

RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10

HOMO SAPIENS

UniProt Q8NI19

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1 × 1 （P84078） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8NI19_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096 作者链 N； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096 作者链 O； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096 作者链 P； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096 作者链 Q； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096 作者链 R； PDB构建体 1–168； UniProt 929–1096

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j59
沉积日期 deposition_date	2006-09-13
结构标题 title	Crystal structure of the ARF1:ARHGAP21-ArfBD complex
关键词 keywords	;ARF, ARF1, ARFBD, ARHGAP21, MYRISTATE, TRANSPORT, NUCLEOTIDE-BINDING, RHOGAP PROTEIN, HYDROLASE, PROTEIN TRANSPORT, ACTIN ORGANIZATION, SMALL GTP-BINDING PROTEIN, GOLGI APPARATUS ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j59__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j59__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j59__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.29 Å
Rg（电子密度）	20.33 Å
总 Rg	21.05 Å
原子数	2314
残基数	279
排除体积	40924 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j59__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2j59__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2j59__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2j59__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2j59__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2j59__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
分子量 formula_weight	18951.6 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	15535

GSMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGLDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10
分子量 formula_weight	19378.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

SDAAKEGWLHFRPLVTDKGKRVGGSIRPWKQMYVVLRGHSLYLYKDKREQTTPSEEEQPISVNACLIDISYSETKRKNVFRLTTSDCECLFQAEDRDDMLAWIKTIQESSNLNEEDTGVTNRDLISRRIKEYNNLMSKAEQLPKTPRQSLSIRQTLLGAKSEPKTQSP

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,4-DIETHYLENE DIOXIDE
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1656

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d2j59a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59c3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59d3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59e3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59f2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2j59f3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2j59m1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2j59n_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2j59o_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2j59p_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2j59q_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

结构域编号 domain_id	d2j59r_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	2j59A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2j59M01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2j59M02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	2j59N00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2j59O00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2j59P00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2j59Q00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2j59R00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

晶胞边长 a length_a	74.636 Å
晶胞边长 b length_b	132.136 Å
晶胞边长 c length_c	146.283 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2430

Crystal structure of the ARF1:ARHGAP21-ArfBD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j59__assembly_2__model_1

2j59__assembly_2__model_1 | I(q)

2j59__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the ARF1:ARHGAP21-ArfBD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RHO-GTPASE ACTIVATING PROTEIN 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j59__assembly_2__model_1

2j59__assembly_2__model_1 | I(q)

2j59__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)