SAXSdb — 2j5l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

PLASMODIUM FALCIPARUM

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19 × 1 FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9GVB7_PLAFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–581； UniProt 25–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j5l
沉积日期 deposition_date	2006-09-18
结构标题 title	Structure of a Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1-Fab F8. 12.19 complex
关键词 keywords	;MALARIA VACCINE CANDIDATE, APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1, HYPOTHETICAL PROTEIN, IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, MEMBRANE, MEROZOITE, TRANSMEMBRANE, IMMUNE SYSTEM, IMMUNOGLOBULIN C REGION, ANTIBODY CROSS-REACTIVITY ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j5l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j5l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.41 Å
Rg（电子密度）	25.51 Å
总 Rg	26.35 Å
原子数	3605
残基数	471
排除体积	63564 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j5l__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1
分子量 formula_weight	67035.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3605

QKSDVYHPINEHREHPKEYEYPLHQEHTYQQEDSGEDENTLQHAYPIDHEGAEPAPQEQNLFSSIEIVERSNYMGNPWTEYMAKYDIEEVHGSGIRVDLGEDAEVAGTQYRLPSGKCPVFGKGIIIENSNTTFLKPVATGNQDLKDGGFAFPPTNPLISPMTLNGMRDFYKNNEYVKNLDELTLCSRHAGNMNPDNDKNSNYKYPAVYDYNDKKCHILYIAAQENNGPRYCNKDQSKRNSMFCFRPAKDKLFENYTYLSKNVVDNWEEVCPRKNLENAKFGLWVDGNCEDIPHVNEFSANDLFECNKLVFELSASDQPKQYEQHLTDYEKIKEGFKNKNASMIKSAFLPTGAFKADRYKSHGKGYNWGNYNRETQKCEIFNVKPTCLINNSSYIATTALSHPIEVEHNFPCSLYKDEIKKEIERESKRIKLNDNDDEGNKKIIAPRIFISDDKDSLKCPCDPEMVSQSTCRFFVCKCVERRAEVTSNNEVVVKEEYKDEYADIPEHKPTYDNMKIIIASSAAVAVLATILMVYLYKRKGNAEKYDKMDQPQHYGKSTSRNDEMLDPEASFWGEEKRASHTT

来源 Source

来源生物 organism	PLASMODIUM FALCIPARUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19
分子量 formula_weight	23285.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QSVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRARSSVSYMHWYQQKSGSSPKPWIHATSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWSSHPPTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FAB FRAGMENT OF MONOCLONAL ANTIBODY F8.12.19
分子量 formula_weight	24189.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVQLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFIFSDYYMYWVRQTPEKRLEWVATISDGNSYTYYVDSVKGRFTISRDNAKNNLYLQMSSLKSEDTAIYYCARDGPTDSSGYGGFGYWGQGTLVTVSEAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2j5la1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.61 — Apical membrane antigen 1
超家族 Superfamily superfamily	g.61.1 — Apical membrane antigen 1
家族 Family family	g.61.1.1 — Apical membrane antigen 1

结构域编号 domain_id	d2j5lb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2j5lb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2j5lc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2j5lc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2j5lB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2j5lB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2j5lC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2j5lC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	171.900 Å
晶胞边长 b length_b	171.900 Å
晶胞边长 c length_c	44.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2780

Structure of a Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1-Fab F8. 12.19 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j5l__assembly_1__model_1

2j5l__assembly_1__model_1 | I(q)

2j5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1-Fab F8. 12.19 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j5l__assembly_1__model_1

2j5l__assembly_1__model_1 | I(q)

2j5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)